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SARS-CoV-2 : le bien nommé

Quelques données pour les collègues non spécialistes vues par l’œil d’un virologue médical, au risque de ne satisfaire personne (trop compliqué ou trop simple) mais de réunir en un seul document des réponses aussi diverses que les durées de contamination, de survie du virus, de phylogénie, des tests disponibles et à venir et des conduites pratiques (masques, prélèvement, écouvillons, etc.). Pas mal de conclusions personnelles à prendre comme telles. Qui s’enrichit au jour le jour

17 mars début du ‘’grand ‘’ confinement, avec éclaration du stade 3 en France :

On part probablement pour 45 jours soit jusqu’au début mai, fin des vacances scolaires pour une sortie logique si les politiques tiennent le coup. Décrue des cas attendue dans 4 à 5 semaines si le confinement est respecté. A Paris il est assez relatif, sauf les nuits calmes

La Chine n’enregistre (rait !) plus de nouveaux cas sauf en provenance de l’étranger.

Les chiffres clés : A ce jour hors Chine, la Corée, l’Iran et l’Italie l’Espagne et la France sont les plus touchés Attention aux restrictions d’entrée aux USA

Mortalité globale 2 à 3%, variable d’un pays à l’autre. 20-25% au-delà de 80 ans. Sinon mauvaise grippe pour les autres. Nombreuses formes pauci symptomatiques (ie : anosmie isolée, toux simple avec ou sans fièvre, toute la gamme des signes pseudo grippaux)

Dure une semaine. Les complications arrivent après 7 jours. L’intubation précoce favorise le pronostic.

Existence de formes gravissimes chez des patients jeunes sans antécédents ni comorbidités.

La prévalence en France : sur la base de la mortalité rapportée et décalée on est au moins 100 voire 200 000 cas au minimum. Beaucoup de jeunes, beaucoup de soignants. Le test n’est accessible que pour les patients hospitalisés pour forme grave et aux soignants plus qq autres (voir chapitre). Les déces en Epad ne sont pas comptablisés car non testés

L’accès au test sera élargi possiblement dans les semaines à venir avec le développement des automates de haut débit pour la virologie. Faiblesse actuelle des laboratoires des CHU sous dotés depuis de nombreuses années. Manque de réactif ? de PM et PNM etc., manque de masque, manque d’écouvillons....

Le pic est attendue dans les 2 3 semaines qui suivent. Le grand Est saturé en terme de réanimation

Courbe théorique selon Mark Handley la dynamique de l’épidémie dans chaque pays. La France est décalée de 8 à 9 jours du scénario italien Si aucune mesure drastique n’est prise.

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Le virus SARS-CoV-2 : son origine et sa nature

Ce nouveau virus chez l’homme est un β-coronavirus désigné SARS-CoV-2 qui partage 96,3% de similitude génomique avec la séquence du virus BatCoV RaTG13 qui est un virus de la chauvesouris de la province de l’Hubei (à 1 150 km au sud de Pékin et 700 km à l'ouest de Shanghai. Il n’y a, à cette heure, pas de recombinaison particulière mais juste une dérive génétique classique entre SARS-CoV-2 et BatCoV RaTG13. Ce sont tous les deux des β-coronavirus comme le virus du SARS. Les chauves-souris sont porteurs de coronavirus bien connus (SARS, MERS) et contaminent probablement par leurs urines ou déjections un hôte intermédiaire comme le pangolin. SARS-CoV-2 semble bien adapté aux mammifères puisque l’on a retrouvé des chiens de compagnie porteurs, qui aurait été infecté par les contacts avec leurs maitres. L’hôte intermédiaire lui contamine l’homme par sa proximité, ses déjections, ses morsures ou autres. Cet accident dit de transmission inter espèces serait probablement survenu au début de l’automne selon les ‘rétro’ calculs basés sur la dérive génétique entre virus BatCoV RaTG13 et SARS-CoV-2 .

La suite facile à imaginer dans un pays comme la Chine et ses 1.5 milliards d’habitats. Mais encore à ce jour c’est la province de l’Hubei qui reste l’épicentre de la crise avec près de 90% des 3000 décès. Les autorités sanitaires chinoises sont responsables de ce désastre, la commercialisation de viande d’animaux sauvages étant normalement strictement interdite en Chine depuis l’épidémie de SARS en 2003.

LE SARS-CoV-2 et les autres coronavirus

De très nombreux coronavirus infectent les hommes et les animaux. Chez l’homme on compte 7 coronavirus dont 3 peuvent donner des infections graves : MERS-CoV (épidémie toujours en cours), SARS-CoV (virus disparu après l’épidémie de 2003) et le SARS-CoV-2 (anciennement nCoV 2019)

Les autres coronavirus humains (désignés sous HCoV avec les acronymes HKU1, OC43, NL63 et 229 E ne sont guère dangereux sauf pour les patients immunodéprimés. Ce sont les virus qui donnent ce que l’on nomme communément un rhume. Les enfants les contractent très jeunes et nous sommes tous infectés sous toutes les latitudes.

Il existe de très nombreux coronavirus comme le montre ce schéma indiquant la présence de ces virus dans une large partie du monde animal.

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Un peu de phylogénie

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Les comparaisons des gènes des différents coronavirus montrent bien la proximité de ces gènes entre le SARS-CoV-2 et virus BatCoV RaTG13 des chauves-souris d’une part et avec le virus du SARS. Egalement la grande proximité génétique avec le SARS CoV.

Le SARS-CoV-2 n’est pas lui-même un recombinant et garde l’organisation génomique du BatCoV RaTG13. Ce dernier par contre pourrait être le résultat de recombinaison entre d’autres coronavirus des chauves- souris. Ce qui est banal et très commun.

Le virus Pangolin-CoV est 91.02% et 90.55% identique aux SARS-CoV-2 et BatCoV RaTG13. La protéine S1 codée par le Pangolin-CoV est plus proche de celle du SARS-CoV-2 que celle de RaTG13.

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La variabilité entre les nucléotides du génome de SARS-CoV-2 et du virus RaTG13 de la chauve-souris a été globalement estimée à 4 %. Si l’on s’intéresse aux seuls sites neutres donc de mutations simples et sans conséquences pour le virus mais qui représentent son évolution sans pression, la valeur correspondante atteint alors 17 %. Ce qui indiquerait que le passage est plus ancien que cet automne et que la circulation chez l’homme est plus précoce que présenté par les autorités. D’où un important nombre de cas dans le Hubéi, véritable réacteur de l’épidémie.

La viabilité du SARS-CoV-2 pose beaucoup de question : il est bien résistant ! Viable en aérosols pendant toute la durée d’une expérience de 3 heures, avec une réduction du titre infectieux de 10 3,5 à 10 2,7 DICT50 par litre d'air. Il est plus stable sur le plastique et l'acier inoxydable que sur le cuivre et le carton viable jusqu'à 72 heures après l'application sur ces surfaces bien que le titre soit fortement réduit. Sur le cuivre, aucun CoV-2 SARS viable n'a été mesuré après 4 heures. Sur le carton, aucun CoV-2 viable n'a été mesuré après 24 heures.

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La situation épidémiologique en France le 23 mars : l’aggravation attendue se confirme

17000 dépistés confirmés. Il faut probablemnt multiplier par 5 ou 10 ce chiffre pour la prévalence réelle.

676 décès : on peu multiplier par deux car les personnes dcd en EPhad ne sont pas testées

Niveau mondial : On dépasse les 350000 avec une mortalité de plus de 15 000 patients dcd dont la moitié en Chine. A relativiser car beaucoup de cas ne sont pas identifiés : sous rapport des autorités chinoises et autres ? grand nombre de patients sans symptomes ?? Sans ce dénominateur on ne peut connaitre exactement la mortalité réelle. Mais elle est surement assez élevée environ 2% corrigée au doigt mouillé pour les cas asymptomatiques non dépistés (on pourrait penser au moins 30% ). Et varie grandement avec l’âge les comorbidités (HTA, IC, diabète) et les conditions sanitaires du pays.

Des tableaux très sévères identique au SARS 2003 sont observés chez des jeunes hommes sans comorbidité ni super infection. Avec une forte létalité.

ttps://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

La situation surtout en région parisienne (mais aucune région ne peut être épargnée) risque de se dégrader vite et fort dans les semaines à venir compte tenu de la désorganisation générale, des conditions de vie (concentration transport) et du sens civique limité de nos concitoyens.

Nous allons certainement suivre à minima l’exemple de l’Italie vue la taille de l’Ile de France. Il faut miser sur une situation de crise jusqu’à l’été (toujours à mon avis) et une vraie reprise à la rentrée de septembre. Pour l’hiver prochain les premiers vaccins seront prêts mais certainement pas distribués (au moins 20 fabricants ont engagé la lutte pour sortir le vaccin). Sanofi a l’avantage d’avoir un modèle SARS prêt et d’assurer la fabrication et distribution Idem GSK et MErck.

A adapter en terme antigèniques au SARS CoV-2. A valider A contrôler et à produire !

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L’Afrique, bombe à retardement

Prévention prophylaxie

Aucune prophylaxie médicamenteuse pour l’heure. Une étude Kaletra proposée pour la prophylaxie des soignants. Idem pour la CQ.

Inutile de porter des masques sauf si vous êtes malades (du Covid 19 ou autre !) pour ‘’protéger ‘’ (au moins des postillons sinon des virus) les autres. Sauf si vous avez des masques ! C’est la communication décalée

Rester à distance des interlocuteurs et éviter les endroits confinés. En cas de contacts extérieurs, lavage de main sérieux au savon et si pas de possibilité solution hydro-alcoolique.

Indications du masque chirurgical

Toute personne, patient ou personnel, qui a des signes d’infections respiratoires (fièvre, toux, rhume, syndrome grippal...) doit porter un masque chirurgical pour limiter la projection de gouttelettes.

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Indications du masque FFP2 : protection des personnels prenant en charge les patients en

précautions air :
o en priorité ceux atteints de tuberculose, rougeole : indications indiscutables o patients immunodéprimés dès sa sortie de la chambre (examen, ...)
o cas confirmés COVID-19, notamment les plus graves
o cas possibles COVID-19 très symptomatiques.

La désinfection des mains par la friction hydro-alcoolique est un élément essentiel de la prévention :

  •   - avant et après chaque contact avec un patient, ou son environnement,

  •   - après retrait des gants,

  •   - après avoir été aux toilettes et avant le repas (lavage des mains aux savon doux au

    préalable).

    Les manifestions de la maladie désignée sous le terme COVID 19

    L’incubation :

    La durée médiane est de 5,1 jours (IC 95 %, 4,5 à 5,8 jours) identique au SARS de 2003. Les symptômes apparaissent au 11,5ème jour de l’infection (IC 95 %, 8,2 à 15,6 jours). La durée de la quarantaine adoptée en France empêche 99% des infections par SARS-CoV2

    Pédiatrie et femmes enceintes

    Les jeunes enfants sont très peu concernés (immunité non spécifique avec meilleure défense immunitaire ? Manque/immaturité des récepteurs spécifiques au SARS-CoV-2. Ou simplement immunité croisée avec les

    autres coronavirus bénins que nous tous attrapés justement dans l’enfance). L’infection ne semble pas se transmettre par voie verticale de la mère à l’enfant : Une femme chinoise atteinte de COVID 19 à sa 35e semaine a accouché par césarienne. Le nourrisson était négatif. Ce cas suggère que la transmission de la mère à l'enfant est peu probable pour ce virus (EID)

    Par contre un cas de contamination lors de l’accouchement rapporté.

    Pour les infections en début de grossesse et de potentielles malformations du fœtus pas d’informations claires à ce jour.

    De premiers résultats pédiatriques en Chine avec une petite cohorte d’une dizaine d’enfants infectés par leurs parents le plus souvent et qui ne présentaient que des signes très légers. Aussi un nourrisson de 6 mois parfaitement asymptomatique. (CID du 04 03).

    Les enfants peuvent aussi être porteur +++ pauci ou asymptomatiques avec du SARS CoV -2 dans les selles.

    Les signes cliniques du COVID 19

    Pour les adultes, une dizaine de jour après le contact, le plus souvent cela se manifestera par une toux d’abord non fébrile d’allure type irritation pharyngée. Puis apparition d’une fièvre état grippal (parfois aussi digestif avec diarrhée marquée) ; dans 85% des cas surtout chez les jeunes (<60 ans) tout rentre rapidement dans l’ordre en une semaine.

    Il faut bien comprendre l’importance de ces cas sans symptôme ou avec très peu de symptômes mais qui peuvent transmettre le virus. Et pendant probablement une assez longue période. Leur rôle est surement prépondérant dans la circulation du virus.

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Les signes cliniques les plus fréquents du Covid-19 sont ceux d’une infection respiratoire aigüe, allant de formes pauci-symptomatiques ou évoquant une pneumonie, sans ou avec signes de gravité (syndrome de détresse respiratoire aigüe, voire défaillance multi-viscérale). Toutefois des formes avec symptomatologie digestive, état confusionnel, initialement non fébriles sont souvent au premier plan chez les personnes âgées. Le Conseil national professionnel de gériatrie et la Société française de gériatrie et gérontologie ont confirmé la symptomatologie atypique du Covid-19 chez les sujets âgés, indépendamment des signes respiratoires plus classiques, se traduisant par des signes digestifs (notamment diarrhée), un état confusionnel ou des chutes, une fébricule avec variations de température entre hyper et hypothermie.

En présence d’une anosmie sans obstruction nasale et avec une agueusie, le diagnostic de Covid-19 est à considérer comme vraisemblable et ces patients doivent être de facto isolés ; ne pas les traiter par corticoïdes inhalés ou per os et les lavages de nez sont décommandés,

https://clicktime.symantec.com/354GYU7rhNAi9vfphso2qLV6H2?u=https%3A%2F%2Fwww.coreb.infectiolo gie.com%2FUserFiles%2FFile%2Fprocedures%2Ffiche-radar-covid19-med-liberale-22-mars-vf-13h.pdf

Dans 15 % des cas les situations peuvent se gâter avec aggravation type dyspnée (difficulté respiratoire) voire dans 5 à 10% des cas prendre une forme sévère. Les cas sévères (SaO2< 90 %) sont hospitalisée en réanimation (taux de décès > 20% après 80 ans)

Données de W. Guan, et coll (N ENGL J MED) sur 1099 patients en Covid-19 confirmés et hospitalisés en Chine en janvier 2020 : âge médian des patients 47 ans, 42% sont des femmes ; 67 /1099 patients (6,1%) ont présenté une forme grave avec soit une admission en soins intensifs et/ou ventilation mécanique et/ou mort. Les symptômes les plus courants sont la fièvre (43,8% à l'admission et 88,7% pendant l'hospitalisation) et la toux (67,8%). La diarrhée était rare (3,8%). La période d'incubation médiane était de 4 jours (plage interquartile, 2 à 7). À l'admission, on retrouve des opacités en verre dépoli à la tomodensitométrie thoracique pour 56,4%. La lymphocytopénie était présente chez 83,2% des patients à l'admission.

Les soignants sont aux premières loges avec fort risque d’être contaminé.

Les patients hypertendus semblent courir un risque plus élevé décéder : sur 170 patients décédés en janvier, 50% souffraient d'hypertension. Pour mémoire, les récepteurs de l'ACE2 (enzyme de conversion 2) sont le point d'entrée dans les cellules humaines du SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2.
L’AC2 est une expeptidase transformant l' Angiotensine I en Angiotensine. L'ACE2 s'exprime surtout dans certaines cellules du cœur et des reins. L HTA est le facteur n° 1 suivi des problèmes cardiaques, diabètes etc., et bien sûr les conditions de réa des insuffisants respiratoires chroniques, obèses etc.

Kuba K et al postulent que la stimulation de l'ACE2 pourrait être un moyen d'atténuer les lésions pulmonaires aiguës, y compris ceux vus avec SDRA.

Les facteurs prédictifs de mortalité sur 150 cas de Wuhan : taux élevé de ferritine (moyenne de 1297,6 ng/mL chez les patients décédés versus 614,0 ng/mL chez les survivants ; p < 0,001) et d'IL-6 (p < 0,0001). La mortalité pourrait être due à l’hyper-inflammation d'origine virale. Comme lors des pandémies précédentes (SARS et MERS-Cov), les corticostéroïdes ne sont pas recommandés en routine et pourraient aggraver les lésions pulmonaires.

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Un sous-groupe de patients (hommes exclusivement ?) pourrait présenter un orage cytokinique, c’est-à-dire une réaction immunitaire potentiellement fatale consistant en une rétroaction entre cytokines et leucocytes. Une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire avec hypercytokinémie et défaillance multiviscérale (comme parfois déclenchée par des infections virales) se rencontre dans 3,7 à 4,3 % des sepsis. Les caractéristiques essentielles en sont : fièvre constante, cytopénie et hyperferritinémie. L'atteinte pulmonaire y compris le SDRA survient chez environ 50 % des patients. Forte létalité.

Les patients graves doivent être soumis à un dépistage de l'hyper-inflammation: hyperferritinémie, thrombopénie, vitesse de sédimentation, afin d’identifier le sous-groupe de patients chez lesquels une immunosuppression pourrait réduire la mortalité.

Attention : il est possible de retrouver des co infections entre SARS-CoV-2, grippe saisonnière H1N1 surtout, mycoplasme, chlamydiae pneumonie et bien sûr les surinfections classiques broncho pulmonaires.

Pour le diagnostic clinique

Le scanner des poumons montrera des opacités périphériques et une image en verre dépoli. Des examens très utilisés par les collègues Chinois se font à partir d’une prise de sang : la baisse parfois marquée - des (et aussi des plaquettes) et une augmentation marquée- de la CRP, associés à la toux et au , l’association a une forte valeur prédictive positive et suffit dans le cadre des fortes prévalences. Pour le test virologique, aucun intérêt sauf pour les cas grave et la surveillance : il s’agit d’un prélèvement naso-pharyngé profond avec un écouvillon souple (cela doit faire tousser si c’est bien fait donc protection +++ FFP2 du préleveur). Le laboratoire de virologie (dans les CHU en France) pratiquera une qPCR en quelques heures mais les laboratoires sont d’ores et déjà débordés. Pas de faux négatif si prélèvement et

test PCR bien réalisés.

Le rapport charge virale, clinique et aggravation est très difficile dans le contexte d’une affection purement pulmonaire et de l’importance de la réponse de l’hôte

(Attention il s’agit de semi quantification, rendue en CT)

Le diagnostic virologique de l’infection

Le dépistage en France : une politique encore obscure :

Les prélèvements :

QUI PRELEVER / VOIR L’ANNEXE en date du 21 mars

Le virus SARS-CoV-2 ne se retrouve pas dans le sang sauf pour les cas graves, ni dans les urines et certainement pas dans les sécrétions génitales . Il est également présent dans les selles

Le LBA est le plus sensible mais n’est pas pratiqué. Seul le prélèvement naso-pharyngé est utilisé en pratique. Sa sensibilité est excellente même si elle a été critiquée. En cas de doute ou d’impossibilité de pratiquer le prélèvement naso pharyngé, penser à la présence possible fréquente dans les selles.

Il n’existe pas de test rapide validé (que l’on pourrait faire sur place avec le patient), qui détecterait directement le virus. Ce type de test existe pour la grippe et peut aussi être d’intérêt pour écarter le COVID 19 en cas de détresse respiratoire.

L’étude du JAMA du 11 Mars :

1 070 échantillons de 205 patients par PCR :

lymphocytes

contexte

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Les prélèvements pharyngés ont été effectués entre le 1er et le 3ème jour après l’admission. D’autres prélèvements ont porté sur le sang, l’expectoration, les fèces et les urines tout au long de l’évolution de la maladie. Une fibroscopie avec lavage broncho-alvéolaire (+/-biopsie) n’a concerné que les patients atteints d’une pneumonie sévère ou encore ceux mis sous ventilation assistée (soit 19 % de la cohorte).

En cas de présence de virus dans les selles, quatre échantillons de ces dernières ont été mis en culture en vue d’une étude par microscopie électronique
La positivité maximale dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire (14/15 ; 93 %) rarement effectué (environ 7 % des cas), puis

(1) l’expectoration (72/104 ; 72 %) ;

(2) les écouvillonnages nasaux (5/8 ; 63 %) ;

(3) la biopsie bronchique (6/13 ; 46 %) ;

(4) les prélèvements pharyngés (126/398 ; 32 %) ;

(5) les fèces (44/153 ; 29 %) ;

(6) le sang (3/307 ; 1 %).

Aucun échantillon urinaire ne s’est avéré positif.

Plusieurs cas de « faux négatifs » rapportés conduisent à la multiplication des scanners voir à leur utilisation comme diagnostic COVID 19.

Avec l’évolution de la maladie, les mécanismes sont inflammatoires et non virologiques et pourraient expliquer des tests négatifs chez patients. Ce qui est un peu en discordance avec le portage long rapporté en général. Au début de l’infection bien avant de passer en réa, les faux négatifs sont dus à la qualité du prélèvement qui doit être refait si le clinicien et le radiologue sont perplexes.

Les indications au 23 03

Les indications de RT-PCR pour recherche du virus SARS-CoV-2 ne concernent, en principe, que des personnes symptomatiques.

Critères liés à la gravité induisant une hospitalisation : patients présentant une symptomatologie respiratoire hospitalisés en réanimation et ceux avec des symptômes évocateurs de Covid-19 hospitalisés pour une pneumopathie avec signes de gravité. Patients hospitalisés pour une autre cause et devenant symptomatiques ; donneurs d’organes, tissus ou de cellules souches hématopoïétiques ; suivi de l’excrétion virale chez les patients graves de réanimation afin de guider le traitement ;

  •   Professionnels de santé avec des symptômes évocateurs de Covid-19 ;

  •   Critères liés à la comorbidité : personnes à risque (selon les critères définis par le HCSP) de formes

    graves et présentant des symptômes évocateurs de Covid-19.

  •   Femmes enceintes symptomatiques quel que soit le terme de la grossesse ;

  •   Critères liés à une situation : exploration d’un foyer de cas possibles (en particulier en collectivités

    de personnes âgées). Au sein de ce type de collectivité se limiter à 3 tests par unité ; Ne sont pas des indications prioritaires :

Exploration de cas possible en collectivité (EHPAD) une fois que le diagnostic a été établi à 3 tests ; 10

Personne avec symptômes évocateurs vivant en contact rapproché avec une personne à risque de forme grave ;

Ne sont plus des indications de diagnostic

  •   Forme paucisymptomatique évocatrice en phase épidémique

  •   PCR de monitoring pour attendre la négativation chez des personnes atteintes et prononcer la

    guérison.

    Modalités de prélèvements pour la détection SARS-CoV2 (COVID19)

    La PCR se pratiquera après extraction des acides nucléiques par le laboratoire sur

Ecouvillon naso-pharyngé (Cf méthode de prélèvement pour la recherche de grippe/VRS sur VISKALI : 1 tube COPAN ou 2 tubes VIROCULT)
Voir les tuto :

https://www.youtube.com/watch?v=obN9nzewd90 https://www.youtube.com/watch?v=DVJNWefmHjE

  •   Ou Lavage broncho-alvéolaire

  •   Ou Aspiration trachéale ou bronchique

    Attention à la qualité de ce prélèvement, fondamentale pour pouvoir interpréter les résultats

    ATTENTION : écouvillons secs en mode dégradé.

    Les écouvillons pour prélèvements naso-pharyngés étant en rupture de stock, procédure dégradée de prélèvement nasal (et non plus naso-pharyngé).

    A noter le conditionnement contient 2 écouvillons. Vous utilisez un écouvillon par patient et vous pouvez conserver l’autre dans le sachet original pendant 24h utilisable pour un autre patient.

    https://www.youtube.com/watch?v=ecc41WPvgTo

    Attention à l’asepsie et à bien nettoyer les tubes de prélèvements.

    REALISER LE PRELEVEMENT

    Les précautions d’hygiène recommandées pour la prise en charge d’un patient reposent sur le strict respect des précautions standards complétées par des précautions complémentaires de type « air » et « contact ».

    1 Mode de Transmission

  •   Transmission interhumaine à SARS-CoV-2 se fait par :

  •   La projection de gouttelettes ;

  •   Un contact direct ;

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  •   L’intermédiaire de surfaces souillées ;

  •   Aérosol possible lors de soins exposants.

    Le virus persiste jusqu’à 3 heures sur des surfaces inertes sèches et jusqu’à 6 jours en milieu aqueux Sensibilités aux désinfectants usuels virucides : hypochlorite de sodium à 0.5%, acide peracétique/péroxyde d’hydrogène, éthanol ou isopropanol à 70%, glutaraldéhyde norme EN 14476. A utiliser suivant les recommandations du fabricant (concentration et temps de contact).

    2 Prélèvement à réaliser chez un patient possible ou confirmé Covid-19

    Le prélèvement que vous allez réaliser s’inscrit dans le cadre d’une prescription médicale.

    2.1 Prélèvement à domicile

    Demander au patient de revêtir un masque chirurgical et l’informer de la nécessité des mesures de protection devant être prises (fiche patient)

    Tenue recommandée pour le préleveur

  •   Port d’un masque de protection type (APR) FFP2 en vérifiant l’étanchéité au visage (réalisation d’un fit check) pour tout personnel de santé habilité aux prélèvements avant d’entrer dans la chambre ;

  •   Sur-blouse à usage unique à manches longues ;

  •   Port systématique de lunettes de protection ;

  •   Port d’une protection complète de la chevelure (charlotte, calot couvrant...) ;

  •   Port de gants à usage unique.

  •   Le prélèvement est réalisé par des personnels formés et équipés ;

  •   Prélèvement de type naso-pharyngé des voies respiratoires hautes par écouvillon de type Virocult,

    UTM ou Eswab (voir ci-dessus en mode déradé si écouvillon sec )

  •   La traçabilité du prélèvement doit être effectuée sur place (identification du patient et du

    prélèvement).

  •   Maitrise de l’élimination des déchets

  •   En cas de prélèvement réalisé au domicile du patient, les équipements de protection individuelle

    (EPI) doivent être retirés avant la sortie du domicile et éliminés en double emballage fermé, sauf

    pour les lunettes qui seront retirées après la sortie du domicile ;

  •   Les lunettes devront être nettoyées au moyen de lingettes désinfectantes virucides ou à l’eau de

    Javel 0,5% ;

  •   Réalisation avec une rigueur absolue des gestes d’hygiène des mains par friction hydro-alcoolique ou

    lavage des mains.

    2.2 Prélèvement dans le cadre d’un circuit ambulatoire dédié et isolé

    Exemples : circuit isolé dans un centre de santé ou une MSP, centre de prélèvement dédié, circuit dédié au sein d’un LBM y compris par organisation d’un « drive », LBM dédié

    Patient

En cas d’organisation en « drive », le prélèvement naso-pharyngé peut être réalisé directement dans le véhicule du patient, fenêtre baissée, sur un site réservé où il peut stationner ;

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Le patient se présentant à pied devra être muni d’un masque chirurgical à son arrivée. S’il n’en dispose pas à son arrivée, un masque devra lui être remis dès son accès dans l’espace dédié. Il ne devra l’enlever que pour qu’il soit procédé au prélèvement naso-pharyngé.

Tenue recommandée

  •   Protection du préleveur habilité (charlotte, masque FFP2, lunette et blouse et surblouse si non imperméable ou un tablier dessous).

  •   Installation technique

  •   Le circuit dédié devra comporter un système permettant une identification fiable du patient par un

    étiquetage du tube prélevé, par connexion directe au système d’information du LBM lorsque cela est possible.

    3 Conduite à tenir, en cas d’exposition accidentelle

    En cas d’exposition accidentelle, vous devez respecter les recommandations aux professionnels de santé en contact avec des patients confirmés.

    3 Conditionnement et conservation du prélèvement avant acheminement

    Le prélèvement doit être conditionné dans un triple emballage souple s’il n’est pas acheminé directement au laboratoire de biologie médicale il doit être conservé à +4°C.

    Transport des échantillons

  •   Il faut suivre les recommandations de l’EOH de protection individuelle pour la réalisation du prélèvement (incluant la double paire de gants, masque FFP2, charlotte, surblouse blanche, lunettes)

  •   Après réalisation du prélèvement respiratoire, le tube contenant l’écouvillon sera déposé dans un

    plateau

  •   Retirer la première paire de gants

  •   Désinfecter le prélèvement en le vaporisant de surfa’ safe Premium®temps de contact à respecter = 5

    min.

  •   Ensuite, le tube sera ensuite placé dans un autre sachet sans contaminer l’extérieur du sachet.

  •   Fermer le sachet

  •   Mettre ce premier sachet dans un second sachet avec la prescription « SARS CoV2 »

    Ne pas utiliser de système pneumatique ; En cas de transport à l’extérieur de l’établissement se conformer aux réglementations en vigueur

    Le test : il existe des CENTAINES de test pour le SARS CoV -2 ! voir en annexe
    En
    général les laboratoires de virologie vont utiliser plusieurs kits pour dépister et confirmer l’infection. Il

    existe plusieurs kits de dépistage à Saint Louis et de nombreux sont à venir

    Les kits pour le cobas 6800 sont enfin arrivés et cela va changer la vie Attention au risque de rupture des commandes. Normalement en route mardi 24 si TVB ROCHE 6800/8800

    On charge la machine au fil de l’eau. Ce test est un test RT-PCR en temps réel qui permet la détection qualitative du virus dans des échantillons d'écouvillons nasopharyngés et oropharyngés ; résultats en trois heures et demie. Attention seuls les laboratoires équipes des automates 6800 (les hôpitaux) ou 8800 (CTS et labos privés types Cerba) peuvent réaliser le test. Traite jusqu'à 384 (cobas® 6800) et 960 tests (cobas®

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8800) dans un délai de 8 heures. En pratique optimale ( !) jusqu'à 96 résultats en moins de 3,5 heures*, puis 96 résultats supplémentaires toutes les 90 minutes pour cobas® 6800 (et toutes les 30 minutes pour 8800).

Les automates sont construits en Suisse mais le test produit aux USA. America first ! 400 000 retenus pour les USA

L’automate Qiastat peut rendre un résultat en 1h. Mais il est unitaire et détecte 11 autres pathogènes respiratoires

Le test commercialisé par Altona largement utilisé chez nous donne de bons résultats et il reste en deuxième option

Le test Genmark E-Plex unitaire automatisé disponible au compte goutte la semaine à venir Cepheid (à venir le 04 04 ) : nécessite un automate spécifique qui peut réaliser de 3 à 6,12, 24 ou

plus selon le nombre de module. Saint louis bien équipé

Les kits commerciaux ou les techniques maisons permettent de rendre un résultat en 3-4h. Des centaines sont proposés. A fuir le plus souvent ....

Les laboratoires moins équipés, moins expérimentés et avec un moindre débit pourront s’orienter vers les automates types Qiastat, E pLex, bioFIre (à venir) Cepheid, unitaire mais correct et abordable. Et qui donne les co-infections simultanement

Cher (>100 euros le tes + achat de l’automate (avec 3, 6 12 tests par analyse)

.

D’autres automates font leur apparition sans cesse. Mais il faut rester sur du connu. Surcoût pour l’Afrique pour assurer la distribution.

A cette heure les test syndromiques (ie BioFire) sauf Qiastat ne sont pas encore modifiés pour reconnaitre le SARS CoV-2 et le seront dans les mois à venir.

La quantification : attention on l’exprime en CT (Cycle Threshold) ce qui doit être bien compris alors que les PCR se basent sur des dilutions donc sur un calcul en logarithme. Ct correspond point seuil pour lequel le signal est supérieur au bruit de fond, c'est-à-dire au nombre de cycles minimal pour lequel l'ADN amplifié soit détectable. Ce point est atteint en début de phase exponentielle. Plus la quantité d'ADN initiale sera faible, plus le Ct sera élevé. Plus le CT est bas (ie 16,18 cycles) plus la quantité d’ADN (donc après rétrotranscription dans le cas des virus ARN) dans l’échantillon est importante. Inversement plus le CT est élevé moins il y a d’ADN et surtout moins la PCR est répétable. Au-delà de 32 CT il faut oublier la valeur ‘quantitative ‘ de la PCR et interpréter avec prudence le résultat.

Les techniques dites maison (PCR test ‘’Allemand’’ de Drosten ou Pasteur ou autres) doivent être manipulés

avec soins uniquement par des laboratoires expérimentés dus aux risques de contaminations des tests

donnant de faux positifs.

Si les laboratoires sont déjà équipés en Cepheid GenXpert, le test basé sur le système Crips va être

disponible très prochainement en 45 mn

14

Les cliniciens sont habitué à faire confiance à leur virologue ( !) pour interpréter les résultats et se reposent sur la qualité des tests HIV HVC etc. Mais le prélèvement sanguin hautement standardisé et répétable ne peut être comparé à un écouvillonnage.

Recherche des anticorps :
Il s’agira essentiellement d’une réponse locale pulmonaire de type sécrétoire Ig A de duré plus réduite. La présence Ig M et ig G est aussi possible après le switch isotypique.

Des premiers essais de test dits immuno-chromatographiques en Chine pour détecter au lit du malade les anticorps IgM et IgG anti SARS-CoV-2: Development and Clinical Application of A Rapid IgM- IgG Combined Antibody Test for SARS-CoV-2 Infection Diagnosis tu276025@gird.cn; yefeng@gird.cn doi: 10.1002/jmv.25727.

397 PCR confirmed COVID-19 sérum : 128 négatifs : sensibilité 88.66% ; spécificité 90.63%. Pas terrible

Gestion des patients aux urgences

Les hôpitaux en France renvoient ceux qui consultent pour une forme mineure ou potentielle et ne font plus faire les tests. Le virus (comme tous les virus) peut persister des jours (voire des semaines chez des patients immunodéprimés.) au-delà de la fin des signes cliniques. Ces virus persistants sont probablement peu (moins) transmissibles.

Les traitements : plus de 350 protocoles en cours

Purement symptomatique : paracétamol et repos avec hydratation abondante pour la majorité en s’isolant du reste de la maisonnée et en portant un masque type chirurgical pour limiter la contagion.

A cette heure aucun traitement spécifique validé malgré de nombreux essais en Chine. La chloroquine est largement utilisée en Chine en ce moment mais sans aucune étude sérieuse (les test in vitro montrent qu’il faut pour contrer la multiplication du SARS-CoV-2 , 1000 fois plus de Chloroquine que pour contrer la multiplication des plasmodies). Un protocole (SARS-CoV2quine) débute de Traitement des infections respiratoires a Coronavirus SARS-Cov2 par l’hydroxychloroquine sousla direction de Ph Prola de l’IHU Méditerranée pour observer la baisse des charges virales de SARS-CoV-2 par l’Hydroxychloroquine (PLAQUENIL®) : 200 mg Matin Midi et Soir pendant 10 jours afin d’obtenir des taux sanguins de 1-2 Microgramme par ml.

Les critères de jugement sont basés sur l’évolution de la charge virale.

15

Les résultats très préliminaires montrent que dans le bras traitement standard la recherche du virus restait positive au 6ème jour dans 9 cas sur 10 contre 1 sujet sur 4 avec l’hydroxychloroquine seule et une proportion encore moindre avec l’association avec l’azythromycine. De nombreux biais sont possibles et diminuent l’intérêt de ces résultats : CT en log, charge virale peu reproductible nombre de patients décédés et exclus de l’analyse...

L’étude doit être randomisée avant de pouvoir conclure.

COMMENTAIRES (Marc Lecuit résume bien la situation ci-dessous)

La chloroquine (C) et son dérivé l’hydroxychloroquine (HC) inhibent in vitro la réplication des virus enveloppés dont le relargage du génome dans le cytosol par fusion de la membrane virale avec celle de l’endosome requiert une acidification. En effet, ces drogues bloquent l’acidification du pH endosomal. Il a été montré il y a quelques semaines que, comme attendu, la C et l’HC ont une activité antivirale sur le SARS CoV 2 in vitro

https://www.nature.com/articles/s41422-020-0282-0

https://www.nature.com/articles/s41421-020-0156-0

Cela n’implique pas nécessairement cependant que ces drogues ont une activité antivirale in vivo chez l’être humain. Il y a eu en effet moult essais décevants, concernant le virus de la dengue (pas de bénéfice) ou du chikungunya (effet délétère L’article du virologue X. de Lamballerie explique bien cela.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166354220301145?via%3Dihub

Il y a quelques semaines un article de deux pages a été publié, qui dit sans montrer aucun résultat que des essais cliniques conduits en chine ont montré une efficacité.

https://www.jstage.jst.go.jp/article/bst/14/1/14_2020.01047/_pdf/-char/en

Si ces essais ont été bien conduits et les résultats probants, ils ont toutes chances d’être sous presse dans une grande revue (ou sont en voie de l’être), comme cela vient d’être le cas pour l’article sur lopinavir et ritonavir dans le NEJM. Cet essai n’a pas montré d’efficacité.

https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001282
Dans la vidéo suivante https://www.youtube.com/watch?v=8L6ehRif-v8 Didier Raoult fait référence à ces

essais sur la C/HC conduits en Chine, dont les résultats ne sont toujours pas à ce jour disponibles, et propose 16

que ce traitement soit utilisé à large échelle. Il a également décidé de démontrer que l’HC a une efficacité in vivo contre le SARS-CoV-2 en conduisant une étude, dont les résultats viennent d’être publiés :

https://www.mediterranee-infection.com/wp- content/uploads/2020/03/Hydroxychloroquine_final_DOI_IJAA.pdf

La suppl. fig. 1 ci-dessus illustre bien que ces résultats sont préliminaires. Et concerne la charge virale et pas la maladie. Seul la charge virale chez des patients asymptomatiques ou peu graves a été évaluée. Il semble que certains de ces malades étaient en fin d’infection. A prendre vraiment avec pincettes

https://www.lyonne.fr/paris-75000/actualites/plaquenil-contre-le-coronavirus-le-temoignage-d-une- patiente-du-docteur-raoult-qui-est-guerie_13768416/

D’autre part les conditions de la publication de cet article ont soulevé des questions

https://www.redactionmedicale.fr/

Ces interrogations ne veulent pas dire que l’HC n’a pas d’intérêt dans le traitement du COVID. Pour le savoir, il faut l’évaluer scientifiquement en suivant la méthodologie des essais cliniques. Au cas où une réelle efficacité antivirale / SARS-CoV-2 est prouvée, il faudra préciser les indications : en prévention, pour traiter tous les cas et leurs contacts en sortie de confinement et empêcher la reprise de la transmission.

La C/HC allonge le QT peut donc engendrer des arrêts cardiaques, et ainsi provoquer plus de morts que sauver de vies s’il est utilisé sans discernement. De plus l’azithromycine, qui est proposée en association et pourrait avoir un intérêt également, augmente également le QT. Il apparaît donc potentiellement dangereux de proposer ce traitement de masse sans en avoir évalué les conséquences éventuelles.

Mon avis : effet probablement très modeste sur la charge virale lors des infections pauci symptomatiques et sans intérêt en cas de pathologie grave. L’effet modeste n’est peut-être pas à négliger en terme de réduction de la charge virale communautaire mais cela sera marginal. Attention les doses préconisées de 600 mg sont

élevées et au 1/3 de la dose toxique.

En prophylaxie peu de chance que le tissus pulmonaires soit assez riche Le risque est de détourner l’attention de la recherche sur des médications plus adaptées

Les aérosols de Ribavirine sont complexes à mettre en œuvre avec des risques de spasmes et aussi de contaminations des soignants. Et le SARS ne semble pas une bonne indication car la nsp14 du SARS CoV -2 (qui nettoie les erreurs de la polymérase) exciserait les erreurs induites par la ribavirine. A éviter

Le Kaletra (lopinavir/ritonavir) pas de différence d'amélioration clinique de mortalité d’ ARN viral détectable. Effets indésirables gastro-intestinaux, ss lopi NEJM March 19, 2020

Remdesivir plus prometteur (et encore ?) en essai randomisé en double aveugle en Chine. A suivre avec résultats attendus fin Avril. Il s’agit d’un analogue nucléotidique utilisé un peu contre tout (Ebola, MERS, Nipah...) avec des résultats pas toujours convaincants. Ne pas en espérer trop. Une quarantaine d’essais sont en cours avec divers antiviraux en recyclage et surtout diverses associations entre eux. A mon avis les anticorps monoclonaux seront peut-être les plus pertinents. Mais un véritable anti viral est encore à venir pour contrer la protéase virale ou pour bloquer la gymnastique ARN + puis ARN puis ARN génomique + des CoV.

Le NIH a testé contre le MERS 18 singes rhésus : les 6 animaux qui n'avaient pas reçu le remdesivir sont tombés malades. Mais les six singes auxquels on a administré le médicament 24 heures avant leur infection

en CQ après de faible dose. Utilité ?

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par le MERS ne présentaient aucun symptôme respiratoire. Les singes ayant reçu l'antiviral 12 heures après avoir été infectés ont présenté des signes de maladie. Idem à suivre.

Beaucoup de protocole d’association et de recyclage (Sofosbuvir, IP et oseltamivir etc..)

Le camostat mesylate aurait une action inhibitrice sur l'entrée du virus 104. Via l’inhibition de la sérine protéase TMPRSS2 ( ??)

Sérothérapie et Ig G : les Chinois font un essai avec déjà au moins 245 patients atteints de COVID 19 mais sans retour pour le moment. Cette thérapie désespérée avait été utilisée de par le passé avec un certain succès (Rougeole, diphtérie ...) y compris lors des épisodes Ebola mais les évaluations cliniques correctes manquent. Arturo Casadevall du Johns Hopkins Hospital semble vouloir la remettre à l’ordre du jour. Mais il faut que les plasmas de convalescents n’aggravent pas les états de choc par une quantité trop importante de cytokines liées à la récente infection. A suivre donc avec prudence.

Essai contrôlé randomisé multicentrique du tocilizumab (blocage des récepteurs IL-6) dans les syndromes de libération de cytokines chez des patients avec élévation du taux d'IL-6. L'inhibition de la Janus kinase (JAK) pourrait affecter à la fois l'inflammation et l'entrée cellulaire du virus

Les Vaccins

1ere Question : quelle sera l’immunité post infectieuses réelle : modeste probable de quelques mois à quelques années après une infection par Cov 2. Un peu comme la grippe. Mais toujours bon à prendre

Elle sera aussi probablement très cellulaire T car les infections respiratoires de ce type ne sont pas systémiques et il n’y a pas de virémies donc une réponse plus localisée. Et probablement une immunité moindre qu’après une rougeole ou une varicelle. Donc le vaccin va nécessiter surement de multiples rappels. A suivre.

Plus de vingt équipes en compétition. Les annonces de ‘’bourses’’ (ie pour faire monter les actions d’un labo) sont plus nombreuses que les prouesses scientifiques. A titre d’exemple l’annonce d’un vaccin ARN aux USA. A ce jour aucun vaccins ni ADN et encore moins ARN n’a été couronné de succès chez l’homme !

Pour Sanofi un candidat vaccin serait mis au point dans moins de six mois avec le lancement des premières phases cliniques dans un an à un an et demi. L'avance s'expliquerait par les recherches menées par Protein Sciences acquis par Sanofi en 2017 ; cette start-up US avait mené des travaux autour du SRAS chez les animaux. A ce stade les inconnues sont plus nombreuses que les faits.

Conclusion au 23 03

Voici la synthèse de données confirmées sur cet évènement considérable. De fait on retrouve le SARS de 2003 mais là qui réussit son épidémie. Les chinois nous auront mené en bateau :

  •   Antériorité de l’épidemie probablement dès octobre novembre avec grand nombre de cas déjà accumulé lors de la déclaration

  •   Gravité des cas : en cas d’hospitalisation donc d’une forme sérieuse très forte probabilité de passer en réa parfois et en quelques heures. Comorbidité, risque de complications.

  •   Formes graves des jeunes rares, foudroyantes identiques à celle du SARS.

    Mais il faut toujours garder que nous sommes face une méchante grippe pour plus de 85 % d’entre nous. La récupération de l’anosmie se fait en 15-30 jours ( ?) Reste à espérer le passager rapide vers un été non viral. En pratique : favoriser un principe de précaution c.a.d de confinement raisonnable ; le confinement ‘’total’’ à la française est un mixte entre le laisser faire Hollandais et le système Chinois qui lui est efficace. Hygiène individuelle et collective avec les ‘’barrières’’. Eviter les concentrations humaines surtout ou l’on chante, on

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se touche et ‘aérosolis’ à tout va ! Confinez-vous ! On peut toujours avoir un voisin sympa mais contaminant.

L’accès au test va être facilité en France avec l’arrivée des réactifs pour les gros automates dans les laboratoires et la participation des laboratoires privés. Cela sera utile pour gérer la sortie de crises et de confinement. Repérer rapidement les cas persistant et les isoler.

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RECOMMANDATIONS AUX PROFESSIONNELS DE SANTÉ EN CHARGE DES PRÉLÈVEMENTS DE DÉPISTAGE PAR RT-PCR

Il est maintenant nécessaire de fluidifier l’organisation instaurée à l’hôpital pour le dépistage par RT-PCR du SARS-CoV-2 par la possibilité de recourir aux laboratoires de biologie médicale (LBM) privés pour effectuer le diagnostic sur des prélèvements effectués dans les établissements de santé et la mise en place d’un circuit de dépistage ambulatoire.

1. Problématique

-PCR du SARS-CoV-2
Par la possibilité de recourir aux LBM privés pour effectuer le diagnostic sur des prélèvements effectués

dans les établissements de santé ;

2. Priorisation des tests diagnostiques1

1 Avis du 14 mars 2020 relatif à la prévention et à la prise en charge du COVID-19 chez les patients à risque de formes sévères et aux indications prioritaire du diagnostic par RT PCR
Les indications de RT-PCR pour recherche du virus SARS-CoV-2 ne concernent, en principe, que des personnes symptomatiques.

2.1. Indications prioritaires

Critères liés à la gravité induisant une hospitalisation : patients présentant une symptomatologie respiratoire hospitalisés en réanimation et ceux avec des symptômes évocateurs de Covid-19 hospitalisés pour une pneumopathie avec signes de gravité. Patients hospitalisés pour une autre cause et devenant symptomatiques ; donneurs d’organes, tissus ou de cellules souches hématopoïétiques ; suivi de l’excrétion virale chez les patients graves de réanimation afin de guider le traitement ;

Professionnels de santé avec des symptômes évocateurs de Covid-19 ;

Critères liés à la comorbidité : personnes à risque (selon les critères définis par le HCSP) de formes graves et présentant des symptômes évocateurs de Covid-19. Femmes enceintes symptomatiques quel que soit le terme de la grossesse ;

Critères liés à une situation : exploration d’un foyer de cas possibles (en particulier en collectivités de personnes âgées). Au sein de ce type de collectivité se limiter à 3 tests par unité ;

ons prioritaires :
Exploration de cas possible en collectivité (EHPAD ...) une fois que le diagnostic a été établi à 3 tests ; Personne avec symptômes évocateurs vivant en contact rapproché avec une personne à risque de forme

grave ;

Ne sont plus des indications de diagnostic

Forme paucisymptomatique évocatrice en phase épidémique
PCR de monitoring pour attendre la négativation chez des personnes atteintes et prononcer la guérison.

3. Actions entreprises et préconisées pour fluidifier le diagnostic

validé par le CNR ;
Mise en place de circuits ambulatoires dédiés à l’hôpital, dans le respect des règles de bonne pratique afin

de limiter les risques de contamination ;
En vue de préserver les capacités hospitalières de diagnostic des patients visés au 1.1, il est préconisé de

favoriser le dépistage des autres patients prioritaires (indications 1.2 à 1.4) par les LBM privés ;
Permettre aux établissements Covid-19 ne disposant des capacités diagnostiques SARS-CoV-2 de recourir à

des LBM privés.

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4. Prescription du dépistage en laboratoire de biologie médicale de ville

Le dépistage par un LBM de ville devra être prescrit par un médecin ; dans ce dernier cas la prescription peut être adressée par le médecin directement au laboratoire par tout moyen disponible (messagerie, fax...) ;

La description des signes cliniques et des facteurs de risque devra accompagner la prescription pour permettre le déclenchement du dépistage par le biologiste afin de vérifier que les indications sont respectées.

Voir fiche « lignes directrices pour la prise en charge en ville des patients symptomatiques en phase épidémique COVID-19 »

5. Critères à respecter pour les laboratoires de biologie médicale

Mise en oeuvre de la fiche de la Société française de microbiologie relative à la gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect ou confirmé de Covid-192 ;

Être accrédité ou dans la démarche d’accréditation ;

Disposer des équipements matériels nécessaires à la mise en oeuvre des kits RT-PCR attention délai de mise en place de 3 à 7 jours ;

Utiliser des kits RT-PCR marqués CE avec 2 cibles minimum (liste des kits conformes validée par l’ANSM) ;

Être en capacité de rendre les résultats en 24h maximum (délai comprenant prélèvement, transport et rendu du résultat) ;

6. Conditions de réalisation des RT-PCR

protection, surblouse UU, charlotte UU, gants UU) ; Respecter les conditions de la fiche de gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect de

COVID-19 de la Société française de microbiologie2, dont le triple emballage souple pour le transport ; Prélèvement à domicile (notamment EHPAD), par un professionnel de santé habilité : biologiste ou IDE, le

principe est d’éviter tout risque de contamination des LBM sous peine d’empêcher leur fonctionnement ; Prélèvement au sein d’une structure ambulatoire dédiée dans le cadre d’un circuit dédié permettant de

respecter les recommandations de bonne pratiques et sous réserve de revêtir les équipements de protection ad hoc (ex. : circuit isolé dans un centre de santé ou MSP, centre de prélèvement dédié, circuit dédié au sein d’un LBM, LBM dédié) :

Les LBM en capacité physique et géographique de le mettre en place pourront ainsi créer un circuit ambulatoire pour accueillir des patients en véhicule selon le processus suivant ;

Le prélèvement nasophayngé peut être réalisé directement dans le véhicule du patient, fenêtre baissée, sur un site réservé ou il peut stationner. Les précautions qui doivent être prises consistent en une protection du préleveur habilité pour le faire (charlotte, masque, lunette et blouse et surblouse si non imperméable ou un tablier dessous) et comportant un système permettant une identification fiable du patient par un étiquetage du tube prélevé.

Voir fiche « prise en charge en ambulatoire du COVID-19 recommandations aux professionnels de santé en charge des prélèvements de dépistage RT-PCR »

7. Délivrance des résultats

prescripteur
Patient positif : le biologiste médical

Contacte le médecin prescripteur qui communique le résultat aux patients avec les consignes (rester à domicile, surveillance des signes cliniques, numéro de contact, consultation à domicile à J7, équipement de

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protection du patient, règles d’hygiène à domicile...) ; si aggravation, déclenchement du circuit hospitalier (hors champ de la présente fiche) ;

Transmet les résultats positifs à la cellule de crise des ARS selon le système de déclaration en vigueur ;

Le prélèvement et les renseignements cliniques doivent être transmis au Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe pour que celui-ci remplisse ses missions de surveillance.

8. FACTURATION

L’inscription de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT-PCR (code acte 5271) a été ajoutée au chapitre 19 de la nomenclature des actes de biologie médicale prévue à l’article L.162-1-7 du code de la sécurité sociale par arrêté du 6 mars 2020.

Le dépistage du SARS-CoV-2 par RT-PCR fait l’objet d’une facturation à l’acte par le LBM à l’Assurance Maladie selon le circuit classique pour les actes de biologie impliquant la transmission des données Carte Vitale et mutuelle par le patient.

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Recommandations du MARS (Message d’Alerte Sanitaire) du 7 mars 2020 et aux recommandations APHP Covid- 19 du 6 mars 2020, veuillez trouver ci- joint

1-Un rappel des restrictions concernant les visites des patients:

-Pas plus d’une personne par visite,
-Interdiction des visites pour les personnes mineures,
-Interdiction de visites pour toutes personnes présentant des symptômes.

2-L'ensemble des procédures disponibles sur intranet:

Consignes habillage lors de risque épidémique & biologique, 04/03/20 Consignes déshabillage lors de risque épidémique & biologique, 04/03/20 Prélèvements - Détection SARS-CoV2 (COVID19), 04/03/20
Bionettoyage / Epidémie COVID19

Gestion des déchets & du linge COVID19
Actualisation du dispositif APHP, 03/03/20
Pour se pr
otéger et protéger les autres à l’hôpital
Affiche Visiteurs / Protéger vos proches, reportez votre visite !, 03/03/20 Affiche pour le port du masque
Plaquette sur le Coronavirus : les bons gestes à adopter

 .

Les indication au port du masque (recommandations de l'EOH du siège APHP en date du 06/03/2020):

Qui porte un masque chirurgical?
Personne, soignant ou patient, présentant des signes d’infection respiratoire : toux, rhume,

syndrome grippal, avec ou sans fièvre...

NB : Les personnels sont vigilants pour s’assurer que tout patient qui présente des signes d’infection respiratoire porte un masque chirurgical.

Personnels prenant en charge un patient qui présente des signes d’infection respiratoire, y compris les cas confirmés COVID-19.

Personnels d’accueil en contact direct et rapproché des patients en l’absence de vitre de protection (entrée de l’hôpital, agents de la Gestion Administrative des Patients, services d’urgences, accueil des consultations, des HDJ et des services d’hospitalisation...

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Personnels identifiés comme contact d’un cas confirmé COVID-19 (dans les 14 jours qui suivent le dernier contact avec le cas), ou revenant d’une zone à risque.

Personnels réalisant des actes en grande proximité avec la sphère ORL des patients : soins bucco- dentaires, examen ophtalmologique, examen ORL...

Au cas par cas et en lien avec le service de santé au travail, personnels ayant une pathologie chronique.

Patients immunodéprimés lors de consultations, HDJ ou déplacements dans l’hôpital.

Qui porte un masque FFP2?

Vérifier l’étanchéité : réaliser un fit-check

Personnels réalisant des manoeuvres respiratoires à risque (exemple : prélèvement naso- pharyngé à la recherche de COVID-19, intubation, aspiration trachéale, VNI... à des patients confirmés COVID-19 ou cas possibles, notamment ceux présentant une détresse respiratoire aigüe non expliquée.

Personnels travaillant en contact d’un patient en précautions « Air » : tuberculose, rougeole, varicelle.

Dans toutes les situations

Ne pas toucher le masque une fois en place. Réaliser une FHA des mains avant la pose et après le retrait ;

Désinfection des mains par friction hydro-alcoolique, avant et après chaque contact avec un patient ;

Port de lunettes pour tout soin avec risque de projection oculaire de liquides biologiques ;

Port de gants pour tout risque de contact avec des liquides biologiques et FHA dès le retrait des gants.

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MOLECULAR ASSAYS

Commercialized

Manual NAT

  •   1drop Inc., 1copyTM COVID-19 qPCR Kit (CE-IVD) Contact

  •   Accelerate Technology Pte Ltd, A*STAR Fortitude Kit 2.0 (Singapore HSA) Contact

  •   ADT Biotech, LyteStar 2019-nCoV RT-PCR Kit 1.0 (RUO) Contact

  •   altona Diagnostics, RealStar® SARS-CoV-2 RT-PCR Kit (RUO) Contact

  •   Atila BioSystems, Inc., iAMP COVID-19 Detection Kit (RUO) Contact

  •   Beijing Applied Biological Technologies Co., Ltd., Multiple Real-Time PCR Kit for Detection of 2019-

    nCoV (manual & automated lab-based) (China FDAEUA; CE-IVD) Contact

  •   Beijing Genskey Medical Technology Co., Ltd, SARS-CoV-2 Nucleic Acid Detection Kit (RT-qPCR with

    Taqman-Probe) (RUO) Contact

  •   Beijing Kewei Clinical Diagnostic Reagent Inc., Kewei COVID-19 Nucleic Acid Test Kit (CE-IVD) Contact

  •   Beijing Kinhawk Pharmaceutical Co., Ltd, 2019-nCoV ORF1ab/N Gene Detection Kit (Fluorescence PCR

    Method) (RUO) Contact

  •   Beijing NaGene Diagnosis Reagent Co., Ltd, Multiple Real-Time PCR kit for Detection of 2019-nCoV

    (RUO) Contact

  •   Beijing Wantai Biological Pharmacy Enterprise Co.,Ltd, Wantai SARS-CoV-2 RT-PCR Kit (RUO) Contact

  •   BGI Health (HK) Co. Ltd., Real-time fluorescent RT-PCR kit for detecting 2019 nCoV (China FDAEUA)

    Contact

  •   Boditech Inc, ExAmplar COVID-19 real-time PCR kit (L) (RUO) Contact

  •   bioMérieux SA, SARS-COV-2 R-GENE® (manual & automated lab-based) (RUO) Contact

  •   Cancer Rop Co., Ltd., Q-Sens® 2019-nCoV Detection Kit (CE-IVD) Contact

  •   CellSafe, Qplex COVID-19 RT-qLAMP Assay (RUO) Contact

  •   CerTest Biotec, S.L., VIASURE SARS-CoV-2 S gene Real Time PCR Detection Kit adapted for BD MAXTM

    System (CE-IVD) Contact

  •   Chaozhou Hybribio Biochemistry Ltd., COVID-19 Real-Time PCR Kit (manual & automated lab-based)

    (CE-IVD) Contact

  •   ChromaCode, Inc., ChromaCode COVID-19 Six Target Single Well Assay (RUO) Contact

  •   Clonit, quanty-CONV-19 (CE-IVD) Contact

  •   Co-Diagnostics, Logix Smart Coronavirus disease 2019 (COVID-19) (CE-IVD) Technical contact;

    Regulatory contact

  •   Creative Diagnostics, Contact

o SARS-CoV-2 IgG ELISA Kit (RUO)
o SARS-CoV-2 IgM ELISA Kit (RUO)
o SARS-CoV-2 Antigen ELISA Kit (RUO)

  •   CTK Biotech, Inc., Aridia COVID-19 Real Time PCR Test (CE-IVD) Contact

  •   DaAn Gene Co., Ltd. of Sun Yat-sen University, Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex

    RT-PCR kit (China FDAEUA; CE-IVD) Contact-1; Contact-2

  •   Dynamiker Biotechnology (Tianjin) Co., Ltd., Novel Coronavirus(2019-nCov)RT-PCR Kit (RUO) Contact

  •   Eurobio Scientific, EurobioPlex SARS-CoV-2 Multiplex (RUO) Contact

  •   EUROIMMUN AG, EURORealTime SARS-CoV-2 (RUO) Contact

  •   Gene Biosystems, Gene Bio COVID-19 Qualitative Real Time PCR Kit Ver. 1.0 (RUO) Contact

  •   Gencurix Inc. Contact

o GenePro COVID-19 Detection Test (CE-IVD)

o GenePro COVID-19 Detection Test v2 (CE-IVD) GeneFirst Ltd Contact

o The Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Test Kit (RUO) o Respiratory Pathogen Panel (RUO)

25

  •   Genesystem, Co. Ltd, SMARTCHECK SARS-CoV2 Detection Kit (RUO) Contact

  •   Genetic Signatures Limited, EasyScreenTM Pan-Coronavirus/SARS-CoV-2 Detection Kit (RUO) Contact

  •   Genomictree, Inc., AccuraTect RT-qPCR SARS-CoV-2 (RUO) Contact

  •   GenScript, 2019-nCoV qRT-PCR Detection Assay (RUO) Contact

  •   Getein Biotech, Inc., Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-time RT-PCR Kit (CE-IVD) Contact

  •   Guangdong Huayin Medicine Science Co,. Ltd, Detection Kit for 2019-nCoV RNA (RT-PCR Fluorescence

    Probing) (Lyophilised) (RUO) Contact

  •   GuangZhou HEAS BioTech Co.,Ltd. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) RNA ASSAY (PCR Fluorescent

    Probe Method) (RUO) Contact

  •   Guangzhou Supbio Biotechnologies, Inc., Supbio SARS-CoV-2 (ORF1ab/N) Nucleic Acid Detection Kit

    (PCR-Fluorescent Probing) (RUO) Contact

  •   Guangzhou Wondfo Biotech Co., Ltd, Wondfo SARS-CoV-2 Nucleic Acid Detection Kit (RUO) Contact

  •   Hangzhou Matridx Biotechnology Co., Ltd, 2019-nCov Rapid Test Kit (RUO) Contact

  •   ICBFM, LAMP kit for qualitative detection of SARS-CoV-2 (RUO) Contact

  •   Innovita (Tangshan) Biological Technology Co., Ltd., Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Test

    Kit (Multiple Fluorescence PCR) (RUO) Contact

  •   Jiangsu Bioperfectus Technologies Co. Ltd Contact

o PerfectLyo SARS-COV-2 Real Time PCR kit (RUO)

o PerfectQ COVID-19 Coronavirus Real Time PCR Kit (RUO)

  •   JN Medsys, ProTect Covid-19 RT-qPCR kit (RUO) Contact

  •   KH Medical Co. Ltd, RADI COVID-19 Detection Kit and RADI COVID-19 Triple Detection Kit (CE-IVD)

    Contact

  •   KogeneBiotech Co. Ltd, PowerChekTM 2019-nCoV Real-time PCR Kit, (Korea MFDSEUA; CE-IVD)

    Contact

  •   Liferiver, Liferiver Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex RT-PCRT kit (China FDAEUA;

    CE-IVD)

  •   Liming Bio-Products Co., Ltd, SrongStep®Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) Multiplex Real-Time PCR Kit (CE-IVD) Contact

  •   Luminex Corp., NxTAG CoV Extended Panel (RUO) Contact

  •   Mabsky Bio-Tech Co., Ltd Real-Time PCR Method Contact

o COVID-19 virus (2019-nCoV) Dual-Detection Kit (RUO)

o Influenza A virus, Influenza B virus & COVID-19 virus (2019-nCoV) Triple-Detection Kit (RUO)

  •   Medical Innovation Ventures Sdn Bhd. GenoAmp® Real-Time RT-PCR SARS-CoV-2 (RUO) Contact

  •   Mikrogen GmbH, ampliCube Coronavirus Panel (RUO) Contact

  •   Nanjing Vazyme Medical Technology Co., LTD., 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Triplex RT-qPCR

    Detection Kit (CE-IVD) Contact

  •   NanoBio Lab, A*STAR Research Entities, Isothermal Exponential Amplification for COVID-19

    Detection (RUO) Contact

  •   National Institute for Control of Vaccines and Biologicals, Accupid nCoV 2019 Detection Kit (RUO)

    Contact

  •   Ningbo Health Gene Technologies Co. Ltd. SARS-CoV-2 Virus Detection Diagnostic Kit (RT- qPCR

    Method) (RUO) Contact

  •   Norgen Biotek Corp, 2019-nCoV TaqMan RT-PCR Kit (Catalog# TM67100) (RUO) Contact

  •   Novacyt/primerdesign, genesig Real-Time PCR COVID-19 (CE-IVD)

  •   PaxGen Bio Co. Ltd, PaxView COVID-19 real time RT-PCR (RUO) Contact

  •   PerkinElmer Inc., PerkinElmer® SARS-CoV-2 Realtime RT-PCR Assay (CE-IVD) Contact

  •   Promis Diagnostics, SensDtect RT-qPCR SARS CoV-2 (RUO) Contact

  •   R-Biopharm AG, RIDA®GENE SARS-CoV-2 (RUO) Contact

  •   Sansure Biotech, Inc., Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Fluorescence

    Probing) (China FDAEUA; CE-IVD) Contact

  •   SD BIOSENSOR Inc., STANDARD M nCoV Real-Time Detection Kit (Korea MFDSEUA; CE-IVD) Contact

26

  •   Sentinel CH, STAT-NAT® Covid-19 HK and STAT-NAT® Covid-19 B (RUO) Contact

  •   Shaanxi Lifegen Co., Ltd., Novel coronavirus (COVID-19) nucleic acid detection kit (fluorescent PCR

    method) (CE-IVD) Contact

  •   SunStar Joint Stock Company, LAMP-COVID-19 (RUO) Contact

  •   Thermo Fisher Scientific, TaqManTM SARS-CoV-2 Assay Kit v2 (RUO) Contact

  •   Shanghai Fosun Long March Medical Science Co.,Ltd., 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) RT-PCR

    Detection Kit (RUO) Contact

  •   Shanghai GeneoDx Biotechnology Co., LTD., Novel Coronavirus 2019-nCoV Nucleic Acid Detection Kit

    (Fluorescent PCR Method) (China FDAEUA) Contact

  •   Shanghai Kehua Bio-engineering Co., Ltd, SARS-CoV-2 Nucleic Acid Test (RUO) Contact

  •   Shenzhen Tailored Medical Ltd, New Coronavirus (SARS-CoV-2) Nucleic Acid Detection Kit (PCR-

    Fluorescent Probe Method) (CE-IVD) Contact

  •   SunStar Joint Stock Company, LAMP-COVID-19 (RUO) Contact

  •   Thermo Fisher Scientific, TaqManTM SARS-CoV-2 Assay Kit v2 (RUO) Contact

  •   TIB Molbiol/Roche Diagnostics

o LightMix Modular SARS and WuHan CoV E-gene (RUO) o LightMix Modular SARS and WuHan CoV N-gene (RUO) o LightMix Modular WuHan CoV RdRp-gene (RUO)

  •   US CDC, 2019 nCoV Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel (US FDAEUA)

  •   Vircell, S.L., SARS-COV-2 REALTIME PCR KIT (CE-IVD) Contact

  •   Wuhan Easydiagnosis Biomedicine Co., Ltd, SARS-CoV-2 nucleic acid test kit (China FDAEUA; CE-IVD)

    Contact

  •   Wuhan HealthCare Biotechnology Co., Ltd., Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) Nucleic Acid Detection Kit (CE-IVD) Contact

  •   Xiamen Zeesan Biotech Co., Ltd., SARS-CoV-2 Test Kit (manual; lab-based; CE-IVD) Contact-1 Contact- 2

  •   Xi’an Tianlong Science and Technology Co.,Ltd., COVID-19 ORF1ab/N Gene PCR Detection Kit (RUO) Contact

  •   Zhengzhou Humanwell Biocell Biotechnology Co., Ltd Contact

o BIOCELL COVID-19 IgM ELISA test (RUO) o BIOCELL COVID-19 IgG ELISA test (RUO)

Zhuhai Haitai Biological Pharmaceutical Co., LTD, Novel Coronavirus (2019-nCoV)/Flu A/Flu B Real- time Multiplex RT-PCR Kit (manual & automated lab-based) (RUO) Contact

Automated lab-based, near-POC NAT or POC NAT

  •   Anatolia Geneworks, Bosphore Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection Kit (lab-based; CE-IVD) Contact

  •   Anbio (Xiamen) Biotechnology Co., Ltd., COVID-19 Hybrid Capture Fluorescence Immunoassay Test (CFDA-EUA) Contact-1 Contact-2

  •   AusDiagnostics, SARS-CoV-2, Influenza and RSV 8-well (RUO) Contact

  •   Bai-care, Multiplex Nucleic Acid Detection Kit for Respiratory Pathogens (Microfluidic Chip-PCR

    Fluorescent Probes) (CE-IVD) Contact

  •   Beijing Bohui Innovation Biotechnology, Automated SarS-CoV-2 NAT (RUO) Contact

  •   Beijing Microread Genetics Co.,Ltd, COVID-19 (SARS-CoV-2) Detection Kit (LAMP) (lab-based or near-

    POC; CE-IVD) Contact

  •   Biomeme, COVID-19 Go Strips (RUO)

  •   BIONEER Corporation, AccuPower® 2019-nCoV Real Time RT-PCR Kit (manual kit: NCV-2122; lab-

    based automated kit: NCV-1111; RUO) Contact

  •   CapitalBio Technology, Respiratory Virus Nucleic Acid Detection Kit (Isothermal Amplification Chip

27

Method) (automated near-POC NAT; China-FDA) Contact

  •   CerTest Biotec, S.L., VIASURE SARS-CoV-2 Real Time S gene Real Time PCR Detection Kit adapted for

    BD MAXTM System (lab-based; CE-IVD) Contact

  •   Credo Diagnostics Biomedical, VitaPCR COVID-19 assay (RUO) Contact

  •   Guangzhou Tebsun Bio-Tech Development Co., Ltd., SARS-CoV-2 Nucleic Acid Test (Loop-Mediated

    Isothermal Amplification) (RUO)

  •   GeneReach Biotechnology Corporation, POCKITTM Central SARS-CoV-2 (orf 1ab) Premix

    Reagent (RUO) Contact

  •   GenMark Diagnostics, ePlex® SARS-CoV-2 Test (near-POC NAT; RUO) Contact

  •   Jiangsu Microdiag Biomedicine Technology Co., Ltd., Detection of 2019 novel coronavirus (2019-

    nCoV) by LFD RT-RAA (RUO) Contact-1 Contact-2

  •   Jiangsu Qitian Gene Biotechnology Co., Ltd., Fluorescent RAA Detection for 2019-nCoV (lab-based;

    RUO) Contact

  •   MiCo Biomed Co. Ltd, VERI-QTM PCR 316 COVID-19 detection system (lab-based; RUO) Contact

  •   Mylab Discovery Solutions Pvt. Ltd., PathoDetect CoVID-19 Detection Kit, (RUO) Contact

  •   OPTOLANE Technologies Inc., Dr. PCR COVID-19 Viral Load 20K (lab-based, RUO) Contact

  •   QIAGEN GmbH, QIAstat-Dx Respiratory Panel 2019-nCoV (lab-based or near-POC; RUO) Contact

  •   Qingdao Jianma Gene Technology Co., Ltd., COVID-19 Nucleic Acid Detection Kit (Rapid PCR

    Fluorescence Method) (near-POC NAT; RUO) Contact

  •   RainSure Bio, RainSure COVID-19 dPCR Detection Kit, (lab-based; RUO) Contact

  •   Randox Laboratories Ltd, Extended Coronavirus Array (lab-based or near-POC; RUO) Contact

  •   Roche Molecular Diagnostics, cobas® SARS-CoV-2 (for use on the cobas® 6800/8800 Systems; US

    FDA-EUA) Contact

  •   Seegene, Inc. Allplex 2019-nCoV assay (manual, or lab-based automated; CE-IVD; Korea MFDS-

    EUA) Contact

  •   Selfdiagnostics Deutschland GmbH, Multitest (POC, proof of concept) Contact

  •   Shanghai Igenetech, Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Nucleic Acid Detection Kit (Isothermal

    Amplification on Microfluidic Chip) (RUO) Contact-1 Contact-2

  •   Shanghai Rendu Biotechnology Co., Ltd., AmpSure 2019-nCov RNA Assay (CFDA-EUA) Contact

  •   Star Array Ptd. Ltd., 8-minute RT-qPCR direct PCR testing system for SARS-CoV-2 detection Contact-1

    Contact-2

  •   Veredus Laboratories Pte Ltd, VereCoVTM Detection Kit and VerePLEXTM Biosystem (Singapore HSA)

    Contact

    Manual NAT

  •   AB ANALITICA Srl, REALQUALITY RQ-SARS-CoV-2 (proof of concept) Contact

  •   Ampligene India Biotech, Pvt. Ltd, AmpEZ Rapid and Sensitive Realtime Covid-19 Test (proof of

    concept) Contact

  •   General Biologicals Corporation, GB SARS-CoV-2 Real Time RT-PCR (validated) Contact

  •   Genetic Signatures Ltd (validated)

  •   Huwel Lifesciences Pvt. Ltd., Quantiplus CORONA Virus (2019nCoV) detection kit (proof of concept)

    Contact

  •   Mikrogen GmbH, ampliCube Coronavirus SARS-CoV-2 (proof of concept) Contact

  •   QuantuMDx, QuantuMDx NAT for SARS-CoV-2 (proof of concept) Contact

  •   Shandong Shtars Biological Industry Co., Ltd., Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) Real Time Multiplex

    RT-PCR Kit (proof of concept) Contact

  •   STILLA TECHNOLOGIES, COVID-19 Multiplex Crystal Digital PCR detection kit (validated) Contact

In development

28

Automated lab-based, near-POC or POC NAT

  •   Aldatu Biosciences, PANDAA qDx SARS-CoV-2 (proof of concept) Contact

  •   BioFire Defense, LLC, BioFire COVID-19 Test (lab-based or near-POC; validated) Contact

  •   Caspr Biotech, Phantom 1.0 Dx, (near-POC; validated) Contact

  •   Coyote Bioscience, 2019-nCoV Prep Free QPCR Assay (near-POC; validated) Contact

  •   Cepheid, Xpert Xpress SARS-CoV-2 (near-POC NAT; proof of concept) Contact

  •   Diagnostics for the Real World Ltd, SAMBA II COVID-19 Test (near-POC NAT; proof of concept)

    Contact

  •   Fluxergy LLC, Fluxergy Sample-to-Answer SARS-CoV-2 RT-PCR (POC NAT; validated) Contact

  •   Hibergene (lab-based or near-POC; proof of concept)

  •   Mobidiag, Novadiag® COVID-19 + InfA/B (lab-based & near-POC; concept) Contact

  •   Molbio Diagnostics Pvt Ltd, Truenat SARS CoV-2 (lab-based or near-POC; proof of concept) Contact

  •   QuantuMDx, QPOCTM Point of Care NAT for SARS-CoV-2 (near-POC; proof of concept) Contact

    Manual or automated immunoassays

Beijing Abace Biology Co., Ltd., Contact
o COVID-19 Viral Antigen Test Kit (ELISA) (RUO) o COVID-19 IgG Antibody Test Kit (ELISA) (RUO) o COVID-19 IgM Antibody Test Kit (ELISA) (RUO)

  •   BluSense Diagnostics ApS, ViroTrack COVID IgA+IgM/IgG/Total Ig Ab (RUO) Contact

  •   Boditech Med, Inc. Contact

o AFIAS COVID-19, Viral Antigen (automated; RUO) o AFIAS COVID-19 Ab, IgM/IgG (automated; RUO) o Ichroma COVID-19, viral antigen (manual; RUO) o Ichromia COVID-19 Ab, IgM/IgG (manual; RUO)

Eagle Biosciences, Inc. Contact
o COVID-19 IgG ELISA Assay (RUO) o COVID-19 IgM ELISA Assay (RUO)

Epitope Diagnostics, Inc. Contact
o EDITM Novel Coronavirus COVID-19 IgG ELISA Kit (CE-IVD) o EDITM Novel Coronavirus COVID-19 IgM ELISA Kit (CE-IVD)

EUROIMMUN AG Contact
o Anti-SARS-CoV-2 ELISA (IgA) (manual; automated; RUO) o Anti-SARS-CoV-2 ELISA (IgG) (manual; automated; RUO)

  •   GenBody, Inc. GenBody FIA COVID-19 IgM/IgG (manual; RUO) Contact

  •   Guangzhou Darui Biotechnology Co.,Ltd Contact

o 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) IgM Antibody Detection Kit (ELISA Method) (RUO) o 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) IgG Antibody Detection Kit (ELISA Method) (RUO)
o Novel Coronavirus 2019-nCoV IgM Antibody Detection Kit (Colloidal Gold Method) (RUO) o Novel Coronavirus 2019-nCoV IgG Antibody Detection Kit (Colloidal Gold Method) (RUO)

  •   Guangzhou Wondfo Biotech Co., Ltd, Finecare SARS-CoV-2 Antibody Test (manual; RUO) Contact

  •   Liming Bio-Products Co., Ltd, COVID-19 Antigen Rapid Test Device (CE-IVD) Contact

  •   SD BIOSENSOR, Inc., STANDARD F COVID-19 Ag FIA (manual; CE-IVD) Contact

  •   Shenzhen Yhlo Biotech Co. Ltd Contact

o iFlash-SARS-CoV-2 IgM (CE-IVD) o iFlash-SARS-CoV-2 IgG (CE-IVD)

IMMUNOASSAYS

Commercialized

29

Snibe Co., Ltd. (Shenzhen New Industries Biomedical Engineering Co., Ltd) Contact o MAGLUMI 2019-nCoV IgG (CLIA) (automated IA, CE-IVD)
o MAGLUMI 2019-nCoV IgM (CLIA) (automated IA, CE-IVD)

Taizhou ZECEN Biotech Co., Ltd., Contact o SARS-CoV-2 IgM (CE-IVD)
o SARS-CoV-2 IgG (CE-IVD)

Sugentech, Inc. Contact
o SGTi-flex COVID-19 IgM/IgG (manual, CE-IVD) o SGTi-flex COVID-19 IgM (manual, CE-IVD)
o SGTi-flex COVID-19 IgG (manual, CE-IVD)

Rapid diagnostic tests

AmonMed Biotechnology Co., Ltd. Contact
o COVID-19 IgM/IgG test kit (Rare Earth Nano Fluorescence Immunochromatography) (CE-IVD) o COVID-19 IgM/IgG test kit (Colloidal Gold) (CE-IVD)
o COVID-19/Influenza A virus/Influenza B virus IgM combo test kit (Rare Earth Nano

Fluorescence Immunochromatography) (CE-IVD)
o COVID-19/Influenza A virus/Influenza B virus test kit (Rare Earth Nano Fluorescence

Immunochromatography) (CE-IVD)
o COVID-19 Antigen Test Kit (Rare Earth Nano Fluorescence Immunochromatography) (CE-IVD)

  •   Anhui Deep Blue Medical Technology Co., Ltd., Colloidal gold strip for SARS-CoV-2 IgG & IgM (RUO) Contact

  •   Avioq Bio-Tech Co.,Ltd., Novel Coronavirus (2019-nCov) Antibody IgG/IgM Assay Kit (Colloidal Gold) (RUO) Contact

  •   Beijing Abace Biology Co., Ltd., Contact

o COVID-19 Viral Antigen Test Kit (Colloidal Gold Immunochromatography) (RUO)
o COVID-19 Antibody (IgG/IgM)Test Kit (Colloidal Gold Immunochromatography) (CE-IVD)

Beijing Diagreat Biotechnologies Co., Ltd., Contact
o 2019-nCoV IgG Antibody Determination Kit (CE-IVD) o 2019-nCoV IgM Antibody Determination Kit (CE-IVD)

Beijing Kewei Clinical Diagnostic Reagent Inc. Contact
o Kewei COVID-19 IgM ELISA Test Kit (CE-IVD)
o Kewei COVID-19 IgG ELISA Test Kit (CE-IVD)
o Kewei COVID-19 IgG/IgM Fluorescence Rapid Test Kit (CE-IVD)
o Kewei COVID-19 Antigen ELISA Test Kit (Nasal/Throat Swab) (CE-IVD)
o Kewei COVID-19 Antigen Fluorescence Rapid Test Kit (Nasal/Throat Swab) (CE-IVD)

  •   BioMedomics, Inc. COVID-19 IgM-IgG Dual Antibody Rapid Test (CE-IVD) Contact

  •   Core Technology Co., Ltd., COVID-19 IgM/IgG Ab Test (CE-IVD) Contact-1 Contact-2

  •   Coris BioConcept, COVID-19 Respi-Strip (RUO) Contact

  •   CTK Biotech, Inc., OnSite COVID-19 IgG/IgM Rapid Test (CE-IVD) Contact

  •   Dynamiker Biotechnology (Tianjin) Co., Ltd., 2019 nCOV IgG/IgM Rapid Test (CE-IVD) Contact

  •   GenBody, Inc., Contact

o GenBody COVID-19 IgM/IgG (CE-IVD)

o GenBody COVID-19 IgM/IgG DUO (RUO)

  •   Getein Biotech, Inc., One Step Test for Novel Coronavirus (2019-nCoV) IgM/IgG antibody (Colloidal

    Gold) (CE-IVD) Contact

  •   Guangzhou Fenghua Bioengineering , Co. LTD, Combined Detection Kit for Novel Coronavirus (2019-

    nCoV) IgM/IgG Antibody (RUO) Contact

  •   Hanghzhou AllTest Biotech Co., Ltd, 2019-nCoV Antigen Rapid Test Cassette (Swab/Sputum) (CE-IVD)

30

Contact

  •   Hangzhou Biotest Biotech Co.,Ltd., COVID-19 IgG/IgM Rapid Test Cassette (Whole

    Blood/Serum/Plasma) (CE-IVD) Contact

  •   Humasis, Humasis COVID-19 IgG/IgM Test (RUO) Contact

  •   Innovita Biological Technology Co. Ltd, 2019-nCoV Ab Test (Colloidal Gold) (IgM/IgG Whole

    Blood/Serum/Plasma Combo) (CE-IVD) Contact

  •   InTec Products, Inc., Contact-1; Contact-2

o Rapid SARS-CoV-2 Antibody (IgM/IgG) Test (CE-IVD)

o Rapid SARS-CoV-2 Antibody Test (CE-IVD) Jiangsu Bioperfectus Technologies Co. Ltd, Contact

o PerfectPOC Novel Corona Virus (SARS-CoV-2) Ag Rapid Test Kit (RUO)

o PerfectPOC Novel Corona Virus (SARS-CoV-2) IgM/IgG Rapid Test Kit (RUO)

  •   Liming Bio-Products Co., Ltd, COVID-19 IgG/IgM Combo Rapid Test Device (CE-IVD) Contact

  •   MedicalSystem Biotechnology Co., Ltd., COVID-19 IgM/IgG Rapid Test Cassette (CE-IVD) Contact

  •   Mei Ning Kang Cheng China Biotechnology R&D Center, Inc., Corona Virus Disease 2019 (COVID-19)

    IgM/IgG Detection Kit (RUO) Contact

  •   Nantong Egens Biotechnology Co., LTD, EGENS COVID-19 IgG/IgM Rapid Test Kit (CE-IVD;

    RUO) Contact

  •   SD BIOSENSOR, Inc., Contact

o STANDARD Q COVID-19 IgM/IgG Duo Test (CE-IVD)

o STANDARD Q COVID-19 Ag Test (CE-IVD)

  •   SensingSelf, Pte, Ltd, Singapore, EDR COVID 19 Rapid Test Kit (IgM/IgG) (CE-IVD) Contact

  •   servoprax GmbH, Cleartest Corona, Covid-19 (CE-IVD) Contact-1; Contact-2

  •   Shenzhen Bioeasy Biotechnology Co., Ltd., Contact

o Novel Coronavirus (2019-nCoV) Fluorescence Antigen Rapid Test (CE-IVD) o Novel Coronavirus (2019-nCov) Colloidal Gold Antigen Rapid Test (CE-IVD) o Novel Coronavirus (2019-nCoV) IgG/IgM detection kit (colloidal gold

immunochromatography) (CE-IVD)
o BIOEASY 2019-nCoV Ag Fluorescence Rapid Test Kit (Time-Resolved Fluorescence) (CE-IVD)

Sugentech, Inc., Contact
o SGTi-flex COVID-19 IgM/IgG (CE-IVD) o SGTi-flex COVID-19 IgM (CE-IVD)
o SGTi-flex COVID-19 IgG (CE-IVD)

Sure Bio-Tech (USA) Co., Ltd. Contact
o SARS-CoV-2 IgM Ab Rapid Test (CE-IVD)
o SARS-CoV-2 IgG Ab Rapid Test (CE-IVD)
o SARS-CoV-2 IgM/IgG Ab Rapid Test (CE-IVD)

  •   Tianjin MNCHIP Technologies Co., Ltd., Anti-COVID-19 virus IgM/IgG rapid test kit (Colloidal gold assay) (CE-IVD) Contact

  •   VivaChek Biotech (Hangzhou) Co., Ltd, VivaDiag COVID-19 IgM/IgG Rapid Test (CE-IVD) Contact

  •   Wuhan EasyDiagnosis Biomedicine Co.,Ltd Contact

o Novel Coronavirus IgM antibody test kit (colloidal gold method) (CE-IVD)

o Novel Coronavirus IgG antibody test kit (colloidal gold method) (CE-IVD)
Xiamen Biotime Biotechnology Co., Ltd., SARS-CoV-2 IgG/IgM Rapid Qualitative Test Kit (CE-IVD)

Contact

Manual or automated immunoassays

Attomarker Ltd, Quantitative Immuno-kinetic assay for Covid-19 IgG+IgM+IgA for a multiantigen panel with CRP (automated; proof of concept) Contact

In development

31

  •   Beijing Shengkun Kangru Medical Equipment Co., Ltd., 2019-nCoV Detection kit (quantum dot immunofluorescence method) (validated) Contact

  •   BluSense Diagnostics ApS, ViroTrack COVID IgA+IgM/IgG/Total Ig Ab (automated; proof of concept) Contact

  •   DART Diagnostics, DART COVID-19 (manual; concept) Contact

  •   Kephera Diagnostics, 2019-nCoV ELISA (manual; proof of concept) Contact

  •   St. Petersburg Research Institute of Vaccines and Sera (FSUE SPbSRIVS FMBA), SARS-CoV-2 Tru-EIA

    (manual; concept) Contact

  •   Zalgen Labs, LLC, Contact

o ReSARS CoV-2 Antigen ELISA Kit (manual; proof of concept)
o ReSARS Pan-Corona Antigen ELISA Kit (manual; proof of concept) o ReSARS CoV-2 IgM ELISA Kit (manual; proof of concept)
o ReSARS Pan-Corona IgM ELISA Kit (manual; proof of concept)

Rapid diagnostic tests

  •   Absea Biotechnology Ltd., The non-invasive MEGA test of SARS-CoV-2 (mucosal swabs) (validated) Contact-1 Contact-2

  •   Baiya Phytopharm, Co, Ltd., Baiya Rapid COVID-19 IgM/IgG test kit (proof of concept) Contact

  •   Denka Seiken Co. Ltd., QuickNavi-COVID19 (tentative) (concept) Contact-1 Contact-2

  •   FemtoDx, COVID-19 Antibody Test (proof of concept) Contact

  •   Great Basin Vela Operations, SARS-CoV-2 Direct Test (concept) Contact

  •   Hangzhou AllTest Biotech Co. Ltd., 2019-nCOV Antigen Rapid Test Cassette (proof of concept) Contact

  •   Kephera Diagnostics, 2019-nCoV Rapid LF Test (proof of concept) Contact

  •   Lifeassay Diagnostics Pty. Ltd., Test-it COVID-19 IgM/IgG Lateral Flow Assay (validated) Contact

  •   Luminostics, Inc., CLIP-COVID19 (smartphone-read out high sensitivity antigen detection test)

    (concept) Contact

  •   Nanotech (concept)

  •   Predigen, Inc., HR-PreV (validated) Contact

  •   Sona Nanotech, Sona-COVID-19 LFA (proof of concept) Contact

  •   Zalgen Labs, LLC, Contact

o ReSARS CoV-2 Antigen Rapid Test (proof of concept) o ReSARS Pan-Corona Rapid Test (proof of concept)

  •   Beijing Infervision Technology Co. Ltd, InferRead CT Pneumonia (validated) Contact

  •   Canary Health Technologies, AiroStotleCV19 (Breath VOCs) (proof-of-concept) Contact

  •   FABPulous/DTwist BV DTwist Contact

  •   University of Washington, Tongue swab diagnosis of SARS-CoV-2 (proof-of-concept) Contact

DIGITAL SOLUTIONS

SAMPLE COLLECTION / INACTIVATION

OTHER DIAGNOSTICS

32

  •   Ativa Medical, Ativa Enhanced Screen Contact

  •   Pinpoint Science Inc., Pinpoint Covid-19 Screening Assay Electrical detection of SARS-CoV-2

    nucleocapsid protein using nanosensors and aptamer (proof of concept) Contact

  •   Twist Bioscience, NGS-based target capture for SARS-CoV-2 detection and screening (proof of

concept) Contact

Selected repurposed drugs in clinical development to treat COVID-19

Au 06 03 320 protocoles sont enregistrés en Chine sur https://clinicaltrials.gov and http://www.chictr.org.cn.

Drug or cocktail

ASC09/ritonavir, lopinavir/ritonavir, with or without umifenovir

ASC09/oseltamivir, ritonavir/oseltamivir, oseltamivir

Azvudine

Various combinations of baloxavir marboxil/favipiravir and lopinavir/ritonavir

Various combinations of darunavir/cobicistat alone or with lopinavir/ritonavir and thymosin α1

Remdesivir

Chloroquine or hydroxychloroquine

Originator company

Ascletis, AbbVie, Pharmstandard

Ascletis, Gilead, AbbVie

Zhengzhou Granlen PharmaTech

Shionogi, Toyama Chemical

Janssen, Gilead

Gilead

Shanghai Zhongxi Pharmaceutical, Shanghai Ziyuan

Status and mechanisms

ASC09 is an experimental HIV-1 protease inhibitor; ritonavir and lopinavir/ritonavir are approved protease inhibitors for HIV/AIDS; umifenovir is an approved entry inhibitor against influenza

See above; oseltamivir is a sialidase inhibitor approved for influenza

Experimental reverse transcriptase inhibitor drug against HIV-1/AIDS

Baloxavir marboxil is a Cap-dependent endonucleaseinhibitorandfavipiravir is a guanine analog RNA-dependent RNA polymerase inhibitor approved for influenza A and B; see above

Darunavir and cobicistat are, respectively, an HIV-1 protease inhibitor and inhibitor of cytochrome P450 (CYP)3A enzyme, approved as a combination against HIV-1/AIDS. Thymosin α1 is an immune response boosting agent

Phosphoramidate prodrug of an adenine analog used for Ebola and Marburg virus outbreaks (similar structure to approved HIV reverse transcriptase inhibitors)

Endosomal acidification fusion inhibitor

Clinical trials (trial posting date)

At least three trials (e.g., ChiCTR2000029603, 2/6/20)

One trial (NCT04261270, 2/7/20)

One trial (ChiCTR2000029853, 2/15/20)

Two trials (ChiCTR2000029544, 2/3/20; ChiCTR2000029548, 2/4/20)

Two trials (NCT04252274, 2/5/20; ChiCTR2000029541, 2/3/20)

Two trials (NCT04252664, 2/5/20; NCT04257656, 2/6/20)

At least ten trials (e.g., ChiCTR2000029826, 2/2/20; NCT04261517,

33

Methylprednisolone

Interferon alfa-2b alone or in combination with lopinavir/ritonavir and ribavirin

Camrelizumab and thymosin

Tocilizumab

Pharmaceutical, Wuhan Wuyao Pharmaceutical

Generic

Biogen, Merck

Incyte, Shanghai Hengrui Pharmaceutical

Chugai Pharmaceutical, Zhejiang Hisun Pharmaceutical, Jiangsu Qyun Bio- Pharmaceutical

Synthetic corticosteroid that binds to nuclear receptors to dampen proinflammatory cytokines

Interferon alfa-2b is a recombinant cytokine with antiviral properties; ribavirin is a guanine derivative; as above

Camrelizumab is a humanized monoclonal antibody (mAb) targeting PD-1

Humanized mAb targeting interleukin- 6

2/14/20)

One trial (NCT04263402, 2/10/20)

Two trials (NCT04254874, 2/5/20; ChiCTR2000029308, 1/23/20)

Two trials (ChiCTR2000029806, 2/14/20; NCT04268537, 2/14/20)

One trial (ChiCTR2000029765, 2/13/20)

SYNTHESE des protocoles en cours https://www.cebm.net/oxford-covid-19/covid-19-registered-trials-and-analysis/

Table 1. Medicines that are currently undergoing clinical trials or have trials planned in the management of COVID-19, due to the single-stranded RNA virus 2109-nCoV (SARS-CoV-2)

Type of medicine

Mechanism of action

No. of trials

Antiviral drugs, non-specific

Immunoglobulin

Contains nonspecific antibodies; proposed to block viral Fc receptor activation by boosting endogenous neutralizing antibodies and preventing antibody-dependent enhancement of infection

1

Interferons

Activate cytoplasmic enzymes affecting viral messenger RNA translation and protein synthesis; evidence of minor efficacy in

4

34

 

MERS-CoV in combination with ribavirin

 

Interleukin-2

Multiple anti-inflammatory actions

1

Antiviral drugs, broad spectrum

 

Favipiravir

Inhibitor of viral RNA-dependent RNA polymerase; typically used in treating influenza, but inhibits the polymerase of other viruses in vitro (Ebola, yellow fever, chikungunya, norovirus, and 2019-nCoV)

4

Triazavirin

Non-nucleoside antiviral drug; effective against tick-borne encephalitis virus and forest-spring encephalitis virus

1

Umifenovir

Membrane haemagglutinin fusion inhibitor in influenza viruses; active against influenza virus infections, in which it may reduce the risk of bacterial pneumonia

5

Antiviral drugs, antiretrovirals

 

ASC09

HIV protease inhibitor; to be used in combination with ritonavir

4

Azvudine

Azidocytidine nucleoside analogue; HIV reverse transcriptase inhibitor

4

Danoprevir

Hepatitis C virus NS3 protease inhibitor; to be used in combination with ritonavir

1

Darunavir

HIV protease inhibitor; used in combination with cobicistat, a CYP3A inhibitor

2

Lopinavir + ritonavir

Both HIV reverse transcriptase inhibitors; ritonavir is mainly used to enhance the action of other drugs by inhibition of CYP3A4; in vitro and possible clinical efficacy in SARS-CoV

2

Remdesivir

Nucleotide analogue; inhibitor of RNA-dependent RNA polymerase;

2

35

 

used to treat Ebola and Marburg viruses; effective in vitro against SARS-CoV-1 and MERS and blocks infection with 2019-nCoV in vitro

 

Other antiviral drugs

Baloxavir marboxil

Inhibitor of influenza virus cap-dependent endonuclease; to be combined with favipiravir or lopinavir/ritonavir

2

Antimalarial drugs

Chloroquine and hydroxychloroquine

In addition to its antimalarial actions, chloroquine has some efficacy in HIV-AIDS and blocks infection by 2019-nCoV in vitro, perhaps by inhibiting glycosylation of viral ACE-2 or inhibition of quinone reductase 2, reducing synthesis of viral sialic acid; in one study to be combined with lopinavir/ritonavir

23

Dihydroartemisinin

Interaction between its peroxide bridge and haem iron may underlie its antimalarial action; mechanisms of action against viruses, eg. zika virus, are not well understood; to be combined with the antimalarial drug piperaquine

1

Antibiotics and antiparasitics

Carriomycin

A polyether antibiotic; monovalent cation selective ionophore; active against Gram-positive bacteria, mycoplasma; fungi, and yeasts

2

Suramin sodium

Antiparasitic; mode of action not known; used to treat first-stage African trypanosomiasis and onchocerciasis

1

Nonspecific anti-inflammatory and immunosuppressive drugs

Corticosteroids

Many anti-inflammatory actions; experience with corticosteroids in other infectious diseases has not been uniformly beneficial; in SARS

6

36

 

corticosteroids may worsen the disease

 

Fingolimod

Immunosuppressant; sphingosine 1-phosphate receptor modulator; used in multiple sclerosis

1

Leflunomide

Immunosuppressant; thalidomide analogue; inhibitor of dihydro- orotate dehydrogenase and tyrosine kinases; causes degradation of intracellular transcription factors; used to treat rheumatoid arthritis and psoriatic arthritis

1

Thalidomide

Immunosuppressant; mode of action poorly understood; inhibits production of excess tumour necrosis factor-alfa (TNF-α), down- regulates cell surface adhesion molecules involved in leukocyte migration, has anti-angiogenic activity, and modulates the thalidomide-binding protein, cereblon, mediating protein degradation; used to treat multiple myeloma

2

Kinase inhibitors

Jakotinib hydrochloride

[Chinese literature only]; presumed inhibitor of Janus-associated kinases

1

Ruxolitinib

Inhibitor of Janus-associated kinases (JAK1 and JAK2); used to treat myelofibrosis, polycythaemia vera, and graft-versus-host disease; to be combined with mesenchymal stem cell infusion

1

Monoclonal antibodies; to be used in combination with protease inhibitors

2

Adalimumab

Target: TNF-alfa; used to treat rheumatoid arthritis, juvenile idiopathic arthritis, ankylosing spondylitis, psoriatic arthritis, psoriasis, hidradenitis suppurativa, Crohn’s disease, ulcerative colitis, and uveitis

1

Camrelizumab

Target: receptors for programmed cell death protein 1 (PD-1); used

1

37

 

in China to treat Hodgkin’s lymphoma and nasopharyngeal carcinoma, alone or in combination with gemcitabine + cisplatin

 

Eculizumab

Target: C5 complement; used to treat paroxysmal nocturnal haemoglobinuria, atypical haemolytic uremic syndrome, refractory generalized myasthenia gravis, and neuromyelitis optica spectrum disorder

1

Mepolizumab

Target: interleukin-5 (IL-5); used to treat eosinophilic asthma

1

PD-1 mAb

Target: receptors for programmed cell death protein 1 (PD-1)

1

Tocilizumab

Target: soluble and membrane-bound IL-6 receptors (sIL-6R and mIL-6R); used to treat rheumatoid arthritis, systemic juvenile idiopathic arthritis, juvenile idiopathic polyarthritis, giant -cell arteritis, and chimeric antigen receptor (CAR) T cell-induced severe or life-threatening cytokine release syndrome

2

Miscellaneous others

Acetylcysteine

Mucolytic; symptomatic relief; oral N-acetylcysteine ameliorated the intestinal effects of porcine epidemic diarrhea coronavirus in piglets

1

Angiotensin receptor blockers

Antagonists at angiotensin receptors (see ACE inhibitors)

1

Angiotensin converting enzyme (ACE) inhibitors

To be used in at least one study in individuals with hypertension in addition to COVID-19; ACE-2, which facilitates the entry of 2019- nCoV into cells is not inhibited by ACE inhibitors

1

Bismuth potassium citrate

Inhibits growth of Helicobacter pylori; used in peptic ulceration; may inhibit SARS-CoV1 helicase

1

38

Bromhexine hydrochloride

Mucolytic; symptomatic relief; small trials in other respiratory disorders show only modest benefit.

1

Diammonium glycyrrhizinate

Derivative of glycyrrhetinic acid used in Chinese medicine; a competitive inhibitor of high mobility group box-1; causes moderate inhibition of the porcine epidemic diarrhea coronavirus in vitro, with inhibition of entry of the virus into Vero cells and replication

2

Dipyridamole

Antiplatelet action by inhibition of adenosine uptake; also inhibits cGMP-phosphodiesterase, augmenting the increase in cGMP produced by EDRF (endothelium-derived relaxing factor, nitric oxide); there is a suggestion that antiplatelet agents, including dipyridamole, slow the progress of idiopathic pulmonary fibrosis.

1

Ebastine

Histamine H1 receptor antagonist (antihistamine); presumably intended for symptomatic relief

1

Hydrogen peroxide

Non-specific supposed antiviral action in the throat

1

Inhaled gases

Oxygen, hydrogen, or the combination; symptomatic relief of hypoxia by oxygen; molecular hydrogen is proposed to have an anti- inflammatory effect.

4

Pirfenidone

Various mechanisms proposed; reduces fibroblast proliferation, production of fibrosis-associated proteins and cytokines, and increased biosynthesis and accumulation of extracellular matrix in response to cytokine growth factors such as transforming growth factor-beta (TGF-β) and platelet-derived growth factor (PDGF); used to treat idiopathic pulmonary fibrosis

1

Polyinosinic- polycytidylic acid

Analogue of double-stranded RNA; reportedly has agonist actions at: toll-like receptors TLR-3; retinoic acid inducible gene I (RIG-I)-like receptors; and melanoma differentiation-associated gene 5 (MDA5); reduces the amount of mRNA in vitro in PK-15 cells infected with

1

39

 

transmissible gastroenteritis coronavirus; used in China to treat tumours; to be used in combination with vitamin C

 

rhG-CSF

Recombinant human granulocyte colony-stimulating factor; its counterpart, granulocyte macrophage-colony stimulating factor, directs the activation, proliferation, and differentiation of myeloid- derived cells and causes maturation of antigen-presenting cells, thus affecting adaptive immune responses; the 3C-like protease of SARS- CoV-1 reduces expression of granulocyte-macrophage colony- stimulating factor (GM-CSF) in transfected cells in vitro

1

Thymosin

A group of polypeptides, initially isolated from the thymus. They are involved in T-cell differentiation. There have been trials of their use in cancer treatment, with little evidence of benefit.

1

Tranilast

Tryptophan analogue; anti-allergic, inhibits NLRP3 in the inflammasome pathway; used to treat bronchial asthma, atypical dermatitis, allergic conjunctivitis, keloid, and hypertrophic scars

1

Vitamin C

Antioxidant; no evidence to support purported efficacy in any condition other than vitamin C deficiency; very high doses can cause nephrolithiasis.

3

Combination studies not included above

Adamumab + tozumab

Names not recognized; these may be adalimumab and tocilizumab (qqv)

1

Interferon α

Combined with antiviral drugs (lopinavir/ritonavir, ribavirin, umifenovir)

3

Lopinavir/ritonavir

Combined with other antiviral drugs (emtricitabine and tenofovir)

2

     

40

To quote the conclusion of the authors of a recent Chinese systematic review of 75 trials listed on the Chinese Clinical Registration Center’s website and clinicaltrials.gov, “based on the poor quality and small sample size[s] and long completion period[s] [of the registered trials], we will not be able to obtain reliable, high-quality clinical evidence about COVID-19 treatment for quite a long time in the future”.

Advanced Therapy Medicinal Products under investigation (n=24) (wording taken from the titles of the registered studies)

  •   Aerosol inhalation of vMIP: viral macrophage inflammatory protein

  •   Ankylosaurus; M1 macrophages target

  •   Anti-2019-nCoV inactivated convalescent plasma

  •   Anti-SARS-CoV-2 inactivated convalescent plasma

  •   Biological preparation of human placenta

  •   Convalescent plasma treatment

  •   Cord blood mesenchymal stem cells

  •   Human menstrual blood-derived stem cells

  •   Immunoglobulin from cured patients

  •   Inactivated Mycobacterium vaccine

  •   Infusion of convalescent plasma

  •   Mesenchymal stem cells

  •   Mesenchymal stem cells exosomes atomization

  •   mRNA-1273

  •   NK cells

  •   Plasma treatment

  •   Recombinant cytokine gene-derived protein injection

  •   Regulating intestinal flora

  •   Therapeutic antibody from recovered novel coronavirus pneumonia patients

  •   Umbilical cord blood mononuclear cells

  •   Umbilical cord mesenchymal stem cells (hucMSCs)

  •   Umbilical cord Wharton’s Jelly derived mesenchymal stem cells

  •   Umbilical Cord(UC)-derived mesenchymal stem cells

41

Washed microbiota transplantation

42